繁殖用原种小鼠必须遗传背景明确,来源清楚、有完整的谱系资料,包括品系名称、近交代数、遗传基因特点及主要生物学特征等。引种小鼠应来自近交系的基础群， 以2～5对同窝个体为宜。
小鼠近交系一旦育成，应按保种的有关规定，维持其特定的生物学特征的稳定，保持其基因性同一和基因纯合性。近交系小鼠的维持和生产包括4个群。生产过程一般是从基础群移出种子，经扩大群扩增后，建立生产群，由生产群繁殖仔鼠进入供应群。
（1）基础群：严格采用全同胞兄妹交配，用基础平行线系统保持品系的种源，为扩大群提供种鼠。在繁殖过程中一般保持2～4个平行谱系分支,在4～7代时进行一次修饰。每个谱系分支上，保留7～12个繁殖对，留种的同胞兄妹保持相应的数量及与原品系相同的特性。应保证小鼠不超过5～7代能追溯到一对共同祖先。
（2）血缘扩大群：种鼠来源于基础群，采用全同胞兄妹交配繁殖。用来扩大群体个体数量，为生产群提供种鼠。血缘扩大群应设个体繁殖记录卡，本群小鼠不应超过5～7代而能追溯到其在基础群的一对共同祖先。
（3）生产群：随机交配，用于生产供实验用的小鼠，经4 个世代繁殖后即可淘汰。生产群种小鼠来自基础群或血缘扩大群。为了便于控制随机交配不超过4个世代,可采用挂指示牌的方法：从扩大群来的种鼠F0代挂白牌，F1代挂蓝牌，F2代挂黄牌，F3代挂红牌。红牌表示已繁殖到第三世代，需更换种鼠，从扩大群取来种鼠，继续生产。
（4）供应群：来源于上述生产群中每个世代繁殖的仔鼠，育成后供实验用。
为保证上述4个种群连续性，应做好配种计划。
注意在生产中从基础群到生产群必须控制在15代以内，即生产群的小鼠上溯15代可在基础群找到共同祖先。各群之间不能有小鼠逆向流动。当小鼠出现断代时，可从血缘扩大群中选谱系记录清楚的小鼠重新建立基础群。
同时应注意某一品系小鼠混入其它小鼠时应立即淘汰,逃出鼠盒的小鼠应立即淘汰。经过某些技术处理如人工代乳、卵巢移植等的小鼠可能形成亚系或亚群，而
应与原种群混杂。