黄芪病害地上部有白粉病、褐斑病和锈病，地下部有立枯病、紫纹羽病、白绢病和根腐病等。其中发生普遍、为害最重的是白粉病、锈病和紫纹羽病。
白粉病：主要为害叶片，也可侵染叶柄、茎和荚果。每年5～6月开始发病，9～10月发病率可达100%。
防治方法，彻底清除病残体，注意株间通风透光，选用新茬地种植，避免与豆科植物连作及在低洼潮湿地块种植。施肥应以农家肥为主，化肥氮、磷、钾的比例应合理搭配。发病前或发病初期应进行药剂防治。可用62.25%仙生600倍液、25%粉锈宁800倍液、70%甲基托布津800倍液或50%多菌灵600倍液喷雾，也可喷波美0.3度石硫合剂。7～10天喷施1次，连喷3～4次即可。
锈病：主要为害叶片。6～7月为盛发期。田间种植密度过大、氮肥过多、高湿多雨有利发病。
防治方法，选择排水良好、向阳坡、土质深厚的砂壤土种植。彻底清除田间病残体，降低越冬菌源基数。发病初期可用25%粉锈宁600～800倍液、62.25%仙生600倍液、80%代森锰锌600～800倍液喷雾，或用敌锈钠喷雾防治。
紫纹羽病：主要为害1年生以上的植株根部。发病从小根开始，逐渐向主根蔓延，以8～9月症状最为显著。
防治方法，紫纹羽病菌在土壤中能存活多年，寄主范围又广，不易根除。防治上主要是加强栽培管理，进行土壤消毒。每667平方米施石灰100公斤以中和土壤酸性，防病效果良好。发现病株立即清除销毁。用70%甲基托布津1000倍液、50%苯来特1000～2000倍液或多菌灵等药液浇灌。病土处理可施用石灰氮(20～25公斤/667平方米)消毒，但必须早期(2周前)耕翻入土壤中，使其有效成分氰氨分解成尿素后才可种植。
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