组成蛋白质基本结构的多肽链两端,原则上是一端有一个氨基末端残基,另一端带有一个羧基末端残基。前者是将α氨基保持游离状态的氨基酸残基,后者是将α羧基保持游离状态的氨基酸残基。采用1-氟-2,4-二硝基苯的桑格(F.Sanger)的DNP法(DNP method),在历史上是很著名的。该法可作为鉴定或定量分析位于氨基末端的氨基酸残基的方法。也广泛采用将DNP法超微量化的dansyl法(用5-二甲氨基萘磺酰氯)。Edman降解法是从氨基末端开始测定氨基酸排列顺序的有效分析法。还可采用氨肽酶降解进行氨基末端分析。