一种具有运动功能的细胞小器官，见于原生动物的鞭毛虫类、某些细菌、藻类和真菌的游动孢子和配子、后生动物的精子以及所谓构成鞭毛上皮的细胞。它是由埋藏在细胞表层的基粒和由此伸出的鞭毛纤维构成。与纤毛无本质上的差别，一般是把长而少的称为鞭毛。结构最简单的鞭毛可在大肠杆菌等周毛细菌群中见到，纤维是由单一的鞭毛蛋白聚合成一层直径15-20纳米的螺旋管构成，其基部通过称为“钩”（hook）的管状结构与基粒相结合。由于细菌种类的不同，有的纤维由2种以上鞭毛蛋白组成，有的由多层蛋白质聚合体组成，还有的在纤维的外侧覆盖一层蛋白质鞘。
真核生物的鞭毛，由9组小管（亦称轴丝）排列成圆形，这些小管的横切面为圆形和马蹄型相连接着，在中央通过2条小管，它们都埋在蛋白质的基质中，再由一薄层原生质覆盖。由这种基部结构的无分枝纤维所形成的鞭毛称为尾型，大部分真核生物的鞭毛均属此型。在二叉分枝菌类可见有羽型鞭毛，它是沿细胞生出的纤维左右两侧或一侧又生出细纤维状的须作分校排列的鞭毛。鞭毛的这两种类型在鞭毛型生活相上构成了多态性的两个方面可看作是系统发育中的最原始的性状，鞭毛的这种类型和它在细胞上附着点的位置，常用于生物尤其是植物各门的划分。鞭毛在其生物体的移动、捕食以及暂时附着于其他物体等方面具有作用，有时也有感觉器官的作用。