半索动物门的柱头虫一类动物，身体左右对称，体长十几厘米至几十厘米，状似蠕虫。身体是由吻部、颈、躯干三部分组成的。吻呈圆柱头形或长卵形，内脏是水腔（hydrocoel），以背面的水孔与外界相通；颈部和躯干均具有真体腔，相当于原腔动物的前体腔（Protocoel）、中体腔（mesacoel）和后体腔（metacoel。在吻的基部腹面与颈部之间有口。在直行的消化管的前端前面正中线上有一条短的盲管（称为腹脊索stomochord），可看作是脊索的一种形态代表，而称此举为拟索类（Adelochor-da）。但它和脊索并不相同。在咽的侧面排列着许多马蹄形的鳃裂，构成了鳃区。在鳃区后方有肝脏所在的肝区，肛门位于身体后端的背侧。神经管在消化管的背侧，血管系的主体则在腹侧，这些除原索动物外，与其他脊椎动物的位置完全相反。肠鳃类动物为雌雄异体，许多小囊状的生殖腺呈纵裂，从鳃区排列至肝区。直接发生或经过柱头幼虫阶段。