着丝粒距离 centromere distance 指在染色体图上某基因与着丝粒之间的距离。在子囊胞子成直线排列于子囊内的某种链孢菌中，因为由减数第二次分裂所产生的子细胞排列在子囊的一端，所以，根据四分体分析可以区别减数第一次分裂分离和减数第二次分裂分离。就以 和a这一对基因来说，四分体的排列若成为（ ， ，a，a）或者（a，a， ， ）的，则为第一次分裂分离，若成为（ ，a， ，a），（a， ，a， ），（ 、a，a， ），（a， ， ，a），则为第二次分裂分离。第二次分裂分离是由于该基因和着丝粒之间的重组而产生的。因此该基因的着丝粒距离可以以第二次分裂分离的子囊出现率（％）的1／2进行计算。即使在四分体不是成直线排列的链孢菌中，如果用紧贴着丝粒的基因（着丝粒标记centromere marker）时，那么四型的出现频率就成为第二次分裂分离的频率，并决定着丝粒距离，另外已知在未靠近着丝粒的适当基因的情况下，还有一种大概计算着丝粒距离的方法。
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