在物质代谢过程中，从开始物质A到最终产物X变化中间产生的物质，称为代谢中间产物。如以模式图表示则为：
（2）
A→B→C→D→……→X
式中的B、C、D……等都是中间产物。代谢中间产物一般在代谢进行中，多半是达不到能够容易察觉的浓度（或者数量），但当某一阶段[例如模式图中的（2）]代谢的速度比其他阶段特别慢时，就会引起其前一个代谢中间产物（此时为B）的积累，如果给予适当的反应条件，进行适当的预处理或者使用特异的毒物，同样也会强烈地阻碍某一反应阶段的进行。根据同一原理，在从天然的或者人工的变异株、疾病、器官除掉、营养缺乏、或服药时所表现的异常代谢的研究中，常可发现许多正常代谢中间产物系列存在的例子。如果进一步直接追踪和证实代谢中间产物的变化，可用“同位素”进行试验。