不同对等位基因间的相互作用。主要有以下几种情况。（1）基因相互蜃饔貌??滦宰矗喝缂?谟型愣剐停≒Prr）、玫瑰型（ppRR）、胡桃型（PpRr）和单片型（pprr）。让纯种豌豆型与纯种玫瑰型杂交，F1既不是豌豆型，也不是玫瑰型，而是胡桃型；让F1个体相互交配，F1为9/16胡桃冠（P-R-）、3/16豌豆冠（P-rr）、3/16玫瑰冠（ppR-）和1/16单片冠（pprr）。这里胡桃冠是显性基因P和R相互作用产生的新性状；单片冠是隐性基因pp和rr相互作用产生的新性状。（2）互补作用：聋人相互结婚，子女有全聋的，也有全不聋的。有人推测这是因为听力由一对以上基因控制，设一类聋人的基因型为aaBB，由隐性基因aa引起耳聋；另一类聋人可能是另一对基因不正常，如AAbb。相同基因型的聋人结婚，后代的基因型没有变化，仍然是耳聋的；但若上述两类不同基因型的聋人结婚，F1的基因型为AaBb，这样的人就是不聋的。带有AaBb基因型的人相互结婚，F1有9/16不聋（A-B-），7/16耳聋（3/16A-bb，3/16aaB-，1/16aabb），不聋的个体就是因为显性基因A、B相互补充的缘故。（3）上位作用：即一对基因对另一A、B对基因的表现有掩盖作用。例如影响西葫芦的显性白皮基因（W）对显性黄皮基因（Y）有上位作用。当W基因存在时能掩盖Y的作用，使西葫芦表现为白色；缺少W时，y表现其黄色作用；如果W和Y都不存在，则y基因得到表现，西葫芦为绿色。P白皮WWYY×绿皮wwyy
与显性作用发生在同一对等位基因的两个成员之间不同，上位作用发生于两对不同等位基因之间。（4）抑制作用：例如玉米胚乳蛋白质层的杂交试验显出，白色×白色，F1为白色，F2表现为13白色：3有色。后来知道，蛋白质层的颜色是由色泽基因C和抑制基因I共同决定的，即：
基因I抑制了基因C，故表现为白色；同样ccI-也是白色；ccii由于cc不能表现颜色，所以也是白色；只有C-ii才表现出有色。抑制作用与上位作用不同，抑制基因本身不能决定性状，而显性上位基因除掩盖别的基因表现外，本身还能决定性状。
