亲缘关系近的两个个体之间的交配叫近亲交配或近交。如果两个体在3代（或5代）内的直系或旁系中能找到共同祖先，则称这两个体的亲缘关系近。在近交中，根据交配个体间亲缘关系相对远近的程度，较常见的有表兄妹交配、半同胞交配、全同胞交配和自体交配（自交）。近交的基本遗传效应是导致群体中的纯合体频率上升或杂合体频率下降。现以自交为例说明。假定试验以基因型为Aa的一株小麦开始（自交0代），则各自交世代的基因型及其频率变化如下：
由上表可知：自交0代，1代，…，n代的杂合体频率分别是(1/2)0，(1/2)1，…，(1/2)n。只要自交世代n足够大，最终可使群体的杂合体（Aa）频率趋于0，而纯合体（AA和aa）频率［=1-（1/2）n］趋于1。其他近交形式也有同样的遗传效应，只不过使纯合体频率上升的速度比自交的要慢。由于近交可导致纯合体化，就可有目的地对育种对象进行人工强制近交，通过选择以保留对生产有利的基因和淘汰对生产不利的基因，这样就可选出不同类型的性状、优良的近交系或自交系。不同的近交系或自交系间杂交，就可能选育出具有强优势的杂种一代组合，供生产利用杂种一代优势。也可以利用杂交和近交相结合的方法，选育出在生产上应用的遗传上稳定的新品种。天然异交生物，由于隐性有害基因主要存在于杂合体中而不能表达。一旦近交，隐性有害基因以纯合体形式存在而得到表现，例如玉米自交后代常分离出白化苗、黄苗和畸形苗等。所以，对于天然异交生物，近交往往有害。但对于天然近交生物或自交生物，近交不会有害，这是因为在长期自然选择过程中，保留下来的几乎全是对生存有利的基因。对于这些天然近交生物，在生产上应尽量采用近交，以保持优良性状的相对一致性，即保持优良品种的“种性”。
