1 双相电泳(2－D PAGE)——蛋白质分离技术
双相电泳由O'Farrell于1975年首先创建。虽然并不是一项新技术，其仍成为目前获得蛋白质图谱的最主要手段。基本原理是蛋白质首先于第一相根据其等电点在pH梯度胶中等电聚焦(isoelectric focusing or IEF)，然后在第二相按照各蛋白质的分子量大小(SDS-PAGE)进行第二次电泳分离。与一维的IEF或SDS-PAGE相比，双相电泳具有更高的分辨率，其可以分辨3000多种蛋白质。
传统双相电泳根据低分子量的氨基酸具有不同的等电点，采用两性电解质作为载体，在外加电场下产生pH梯度；而新的稳定pH胶(immobilized pH gel,IPG)技术则利用丙烯酰胺的酸碱衍生物可以在胶聚合的过程□价结合于聚丙烯酰胺基质的特点，产生稳定的pH梯度。
样品在系统中的溶解性与最终的分辨结果密切相关。目前，许多改进双相电泳的研究都着眼于增加蛋白的溶解度。
2 质谱(Mass spectrometry,MS)——蛋白质鉴定技术
质谱已成为将蛋白质与其基因联系起来的重要工具，广泛用于蛋白质组的研究中，其基本原理是使极性或带电的分子产生气相离子，根据不同离子间的质荷比(m/z)来分离并确定分子量。离子化技术的提高使质谱技术得到了进一步发展。快速原子轰击(FAB)可以使双分子物质离子化，电喷雾离子化(ESI)和基质辅助的激光解吸离子化(MALDI)是更新的“软离子化法”，它们被应用于多肽和蛋白质的离子化。
将化学和酶学的方法与质谱相结合，可以获得由不完整的短肽所组成的序列梯度，以测定核酸序列。如用羟肽酶Y降解产生截去C末端残基的短肽，然后使用FAB或MALDI／TOF(time-of-fight)离子化；我们还可以通过将已知序列蛋白质的数据库中的质荷比与实验测得的结果进行比较，从而推出待测序列。
与传统的Edman降解法，Western印迹分析相比，质谱分析更为灵敏、精确、经济，简便。
3 蛋白质组数据库(proteomic database)——生物信息学
生物信息学(bioinformatics)使用计算机技术储存和分析生物学信息，由此建立的基因组数据库加速了分子生物学的进展。蛋白质组数据库将是生物信息学的新领域。
目前，双相电泳结果可以采用电荷耦合器件——照相系统或扫描成像，再使用计算机辅助的影像分析和数据分析，解释电泳结果。最早的双相电泳胶数据库建立于1992年，其站点名称为SWISS-2DPAGE。自此，更多的数据库(主要为21种)，及含有质谱分析软件的程序库都可以在互联网上获得。
