聚丙烯酰胺凝胶电泳可用于分析和制备小于1Kb长度的DNA片段。聚丙烯胺凝胶多用垂直平板电泳,准备凝胶时,先配制30%单体母液(29克丙烯酰胺,1克双丙烯酰胺,加水溶解,定容至100ml),再用它来配制所需浓度的凝胶。每100ml上述液体加30μl四甲基乙胺(TEMED),混匀后即可灌注于予先准备好的洁净不渗漏的凝胶玻板,待凝胶灌至近顶端时,立即插入合适的“梳子”,放室温聚合60分钟,若冬天室温太低,则可放37度温箱内,以促进聚合。聚合完成后,拔出“梳子”,将凝胶板固定于电泳槽中,向电泳槽倾入1×TBE,用滴管冲洗加样孔和凝胶底部以除去气泡,即可加样电泳。一般所用电压1-8v/cm,随时观察标记染料的迁移。电泳结束,从电槽中取出玻板并小心地撬开,凝胶浸于溴化乙锭液(0.5μg/ml1×TBE)染色,45min后放紫外灯下观察电泳结果。