生物体中的脂类除构成生物膜外，大多以脂肪的形式储存起来。脂肪分解产生甘油和脂肪酸，甘油可转变为丙酮酸，再转变为草酰乙酸及α-酮戊二酸，然后接受氨基而转变为丙氨酸、天冬氨酸及谷氨酸。脂肪酸可以通过β-氧化生成乙酰辅酶A，乙酰辅酶A与草酰乙酸缩合进入三羧酸循环，可产生α-酮戊二酸和草酰乙酸，进而通过转氨作用生成相应的谷氨酸和天冬氨酸，从而与氨基酸代谢相联系。
但是这种由脂肪酸合成氨基酸碳架结构的可能性是受一定限制的。实际上，当乙酰辅酶A进入三羧酸循环，形成氨基酸时，需要消耗三羧酸循环中的有机酸，如无其他来源补充，反应将不能进行下去。在植物和微生物中存在乙醛酸循环，可以由两分子乙酰辅酶A合成一分子琥珀酸，用于回补三羧酸循环中的有机酸，从而促进脂肪酸合成氨基酸。例如，含有大量油脂的植物种子，在萌发时，由脂肪酸和铵盐形成氨基酸的过程进行得极为强烈。微生物利用醋酸或石油烃类物质发酵生产氨基酸，可能也是通过这条途径。但在动物体内不存在乙醛酸循环。一般来说，动物细胞不易利用脂肪酸合成氨基酸。
蛋白质转变为脂肪，在动物体内也能进行。生糖氨基酸，通过丙酮酸，可以转变为甘油，也可以在氧化脱羧后转变为乙酰辅酶A，再经丙二酰途径合成脂肪酸。至于生酮氨基酸如亮氨酸、异亮氨酸、苯丙氨酸、酪氨酸等，在代谢过程中能生成乙酰乙酸，由乙酰乙酸再缩合成脂肪酸，最后合成脂肪。另外，丝氨酸在脱去羧基后形成胆胺，胆胺在接受甲硫氨酸给出的甲基后，即形成胆碱，胆碱是合成磷脂的成分。
