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基因芯片样品制备

放大字体  缩小字体 发布日期:2006-07-06

一般说来应用DNA芯片进行实验包括5个过程:生物学问题的提出和芯片设计;样品制备;生物杂交反应;结果探测;数据处理和建模。

1.样品制备。一般所需mRNA的量是以一张表达谱芯片需要3μg mRNA计算的

不同组织抽提310μg mRNA所需组织量

器官/组织*

提取3μgmRNA所需组织量()

提取10μgmRNA所需织量()

RNA得率[单位:毫克RNA/克组织]

mRNA所占百分比[%]

成人正常组织

0.2083

0.6944

1.80 - 1.80 mg/g

0.80

成人正常组织

缺数据

缺数据

1.30 - 1.30 mg/g

缺数据

成人正常组织

0.3000

1.0000

1.00 - 1.00 mg/g

1.00

成人正常组织

0.5000

1.6667

0.60 - 0.60 mg/g

1.00

成人正常组织

0.1852

0.6173

2.70 - 2.70 mg/g

0.60

成人正常组织

0.3125

1.0417

1.20 - 1.20 mg/g

0.80

病理组织

结肠癌

0.2521

0.8403

1.70 - 1.70 mg/g

0.70

病理组织

胃癌

0.4317

1.4388

0.50 - 0.50 mg/g

1.39

病理组织

空肠腺癌

0.3571

1.1905

1.40 - 1.40 mg/g

0.60

病理组织

直肠癌

0.1604

0.5348

1.70 - 1.70 mg/g

1.10

病理组织

肝癌

0.1116

0.3720

3.84 - 3.84 mg/g

0.70

病理组织

肺癌

0.1282

0.4274

2.00 - 2.00 mg/g

1.17

考虑到个体差异以及样品在研磨、匀浆等过程中的损失,客户提供的样品量应在上述基础上增加1-2倍。

2 样本采集过程关键点.

组织标本采集操作建议规程,(取标本所需关键器材和处理要求 )

铝箔

DEPC水浸泡过夜,78°C烘干,高压灭菌后烘干

1.5 ml 微离心管
15 ml
聚丙烯离心管

市场有售RNAase-Free的相应规格离心管

标签纸

记号笔

样品登记表

由客户指定专人填写

液氮罐

应常备液氮罐,并保证液氮的来源

取材部位的病理切片

由客户提供1-2

注:
·
以下步骤1 5应在冰上进行且不超过15分钟,超过时间会导致样品的RNA降解。
·
对肿瘤组织的取材,要求尽可能准确地判定肿瘤和正常组织,例如对于手术切除的整个或部分前列腺,可能要根据冰冻切片报告的结果来判定要进行研究的取材部位。

1 离体新鲜组织,切成多个1cm3小块,剔除结缔组织和脂肪组织。胃、肠组织应剪除外膜;肝、肾、脾应剪除门部血管神经,肿瘤组织应将周围的正常组织切除干净(正常组织也应将周围的肿瘤组织切除干净)。

2RNase-Free 0.9%生理盐水中漂洗样品,以去除血渍和污物。

3 用铝箔包裹组织,或用5ml冻存管装载组织(但最好统一采用铝箔)。用记号笔在铝箔或冻存管外表写明样品编号,并贴上标签,迅速投入液氮冷却。

4 填写样品登记表,写明样品名称、种类、编号、取样日期、样品处理情况等

将液氮冷却的组织放入样品袋(每个样品袋只保存同样的组织),袋口留一根编号绳,绳上粘一张标签纸(标签上注明:样品名称、编号、日期),迅速转入便携式液氮罐

5 保留1-2张取材部位的病理切片。

 
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