亲本数目不一，使用先后不同来配制杂交组合的方式。讲求杂交方式之意义在于创造符合育种目标的变异群体，加大选获期望重组体(组合)的可能性。常用的有单交、三交、双交、回交等方式。用两个以上亲本杂交通称多交或复合杂交。
单交 A/B(/表示第一次杂交)，两个亲本进行一次杂交，也称成对杂交，是最简单的杂交方式。单交有正交和反交之分。A/B为正交，则B/A为反交，反之也然。
三交 A/B//C或A//B/C(//表示第二次杂交)，一般在两个亲本不具备育种目标所要求的全部性状时需要启用第三个亲本，配置成三交组合。应把综合性状较好的产量亲本作为第二次杂交亲本使用。
双交 典型的双交包括四个亲本，A/B//C/D。双交可以把更多的目标性状集中到一个群体中去，在育种目标要求性状较多时应用。三亲本双交A/C//B/C与三交相似之处是三个亲本A、B、C所占的遗传剂量在理论上与典型的三交相同；三亲本双交F1群体内个体间的差异比典型三交F1群体为大，更有利于选择。
循序杂交 是一种不断引用新亲本的复合杂交，如A/B//C/B/3/D/4/E……(//中的数字表示第若干次杂交)，目的在于不断修正已配制组合的缺点。要求每一亲本的综合性状水平都较高，否则不易收到预期效果。
复合杂交 从F1代起性状即发生分离，宜从F1代开始选择，而不像单交那样从F2代开始；由于牵涉到的性状较多，变异范围广，其F1代群体必须保持一定规模，才有可能选出合乎要求的后代，因此要多作些杂交稻。应根据性状分离的显隐性关系合理掌握选择强度，一般可适当多选些单株，中选的单株后代群体也需适当扩大。与单交相比，复交后代群体变异范围大、种类多，有可能选到具有符合更多目标性状的重组体。在进行第三次以上的杂交时，父母本之一或双方都在分离，要求较准确地选择优良单株进行杂交。