菌丝洁白、粗壮、舒展、均匀，边缘整齐，生长速度快；在瓶壁呈扇面羽毛状发展，生长健壮，会分泌酱油色的水珠。菌丝长满瓶后，10~15天内常见到琥珀色透明液体，并具有香菇特有的芳香气味，无臭味和霉味。
如瓶内菌丝柱与瓶壁脱离，说明培养料水分过多所致；若既脱离，菌丝柱又开始萎缩，表面菌皮增厚并变为深褐色，说明菌种已开始老化，不能久存，应立即使用。
若菌种柱表面已出现小菇蕾，是好菌种的特征之一，应去掉菇蕾尽快使用；若出现大量菇蕾，则说明菌龄较大已老化，不宜使用。
如果菌种瓶内可以看到木颗粒，是培养时间不足，应再继续培养一段时间。若所用的米糠质量太差（含谷壳太多），致使菌丝生长不良，应更换培养基，重新生产。