果树所指的种子，有时是指果实，如栗、核桃、榛；有时把内果皮包括在内，如桃、杏、梅、枣、油橄榄等；有时仅指种子的一部分，如石榴。
种子是营养物质的贮藏器官，一般含有淀粉、糖类、脂肪、蛋白质和矿物质等。果树多数为异交作物，种子繁殖常发生变异，因此主要用以繁殖砧木或供实生选种。
果树种子一般经历生理成熟和形态成熟两个阶段。生理成熟是指胚已成熟，具备发芽能力，但其内部营养物质尚处于易溶状态，含水量高，种皮易失水，有机物也易渗出，易受微生物侵染，此时播种容易发霉、腐烂。生理成熟后，种皮、胚逐步完成其发育，水分减少，所含营养物质转化成淀粉、蛋白质或脂肪，成为不溶性物质，生理生化作用减弱，种皮不断致密变褐，不易失水、渗溶和霉烂，进入形态成熟阶段。
多数温带果树和种子在形态成熟后，进入生理休眠阶段。影响种子休眠的因素：
①果皮或种皮坚硬，密封性好，或含有蜡质或革质化，使水、气不易通过，可以较长期保存。
②种胚需要继续发育，如银杏种子从母体脱落时，种胚尚小，需经数月才能充分成长，才具萌发力，油棕则需几年的后续发育。
③在生理生化上成熟过程的逆转，需要一定的积温。