在作物发生了病症或生长不正常的时候，要进行纵的（即历史的）、横的（即地域的）调查，排除大量不可能的因素，把“可能性”尽量缩小到某一特定的原因上，然后进行化学分析或生物试验，以求得正确结论。微量元素缺素症很容易与大、中量元素缺乏症和致病微生物引起的真正病害相混淆，应认真排除。调查内容包括：
（1）发病历史和土壤类型。大面积的发生微量元素缺乏症的主要原因是土壤供应不足。因此，缺素症经常在固定区域、固定土类上发生。发病情况在不同的土壤上有着明显差异，其原因是不同土壤微量元素含量不同。同时，有随着化肥用量增加而加重的趋势。例如：酸性土壤容易缺钼，而碱性土壤容易缺锌、锰、铁等。沙土缺素症比粘土严重；薄土干旱时比厚土湿润时严重；两季田缺锰比一季田严重。
因微生物引起的病害在地域分布上与缺素症有明显的不同。真正病害的发病土类界线不很明显，有的病害发生虽有一定区域性，但多与区域气候关系密切。气温愈高，土壤愈潮湿，真正病害的发病就越严重，而缺素症则是在气温回升时病症往往缓慢。真正病害多发生在好田，好土上，而缺素症多发生在瘦田上。1984年6月，我们在河南省驻马店调查了大面积黑松芽枯、流汁、流胶，最后全株死亡情况。很明显，不同土壤类型或不同成土母质的相同土壤类型上生长的黑松，发病率有显著差异，排除了真菌感染而得病原因的可能性，初步确定为缺硼引起的生理缺素病害。
（2）施肥与栽培情况。施肥情况调查可以排除大量元素的缺乏症。如果施用了氮、磷、钾肥，就可以排除相应的缺素症。
长期施用过磷酸钙或前作施用大量磷肥，不可能缺乏磷素。
施用了钙镁磷肥的不会缺乏钙、镁元素。相反，长期大量施用氮、磷肥还可能导致或加重微量元素的缺乏。
尿素与种子接触有时要造成幼苗白化矮缩。浓度过大的根外追肥常常会在叶面造成灼伤斑痕。
一般情况下，栽培措施带来的作物生长不正常总是局部的、个别的。例如，整地不良、播种过深、过浅、栽插质量差带来的出苗不齐、不壮，深插造成的返青迟……等，而这些情况总是零星的分布，总有人为的痕迹，与某些农活质量差的人的作业区一致。喷药造成的危害，药害总在该项农活进行后不久出现，而且能找到当事人详细询问予以验证。
（3）气候情况。缺素症状的发生一般说来，常出现在当季作物生长期的低温阶段。移栽作物多发生在老根死亡新根将长出阶段。其原因是，土温低、气温低，土壤养分活化差、根系还未形成或不发达、吸收养分的能力弱。当然低温会对作物产生直接危害（即冻害），但冻害与缺素造成的危害很容易区别。冻害，总是发生在特别强的霜冻或低温后，且全田和全区相当一致，几乎无一幸免，损害作物的部位有明显的时段性，即总在某一叶位或穗段发生。
（4）环境情况。环境情况调查指在排除一些特殊物质的危害。环境污柴引起的症状，也是局部的。如附近可能有化工厂、农药厂的废气、废水、废渣的污染。近期或以前是否施用过不明成分的农药、污泥、矿渣或肥料。发病田块是否敞放或泼施过氨水或堆放过化学物质或工厂下脚料。上述情况都可能造成作物的毒害而被误认为是缺素症状。