棉花严重缺硼时，顶芽萎缩，芽腋丛生形成多头棉，或是顶部心叶变小，叶的边缘和主脉失绿，叶片绉缩向上反卷，但无红蜘蛛、蓟马等虫害；下部老叶较大、肥厚、色深、易脆，叶脉突出，严重时木栓化坏死，叶柄出现明暗相间的环带，在颜色较深的环带处的组织发生膨胀，向外突出，使整个叶柄呈节状，不平滑。剖视可见与环带相应髓部变白，严重时变褐坏死，好似有虫咬食，不久则脱落，花小而少，花冠缩短不易伸出，并向中心包裹不张开，花粉生活力差，幼铃发育迟缓，往往较尖，也易脱落，果节数少而短。
防治棉花缺硼症的有效办法是补充硼素：（1）用0.1％硼砂或硼酸浸种12小时，然后进行播种。（2）苗期至花期用0.1～0.2％硼液喷施2～3次。过多的钾会加重缺硼，因此使用钾肥的田块更应配合施硼。