按养分组成划分，大致可分为：
- 单质微肥。这类肥料一般只含一种为作物所需要的微量元素，如硫酸锌、硫酸亚铁即属此类。这类肥料多数易溶于水。故施用方便，可作基肥、种肥、追肥。
- 复合微肥。这一类肥料多在制造肥料时加入一种或多种微量元素而制成，它包括大量元素与微量元素以及微量元素与微量元素之间的复合。例如，磷酸铵锌、磷酸铵锰等。这类肥料，一次施用同时补给几种养分，比较省工，但难以做到因地制宜。
- 混合微肥。这类肥料是在制造或施用时，将各种单质肥料按其需要混合而成。其优点是组成灵活。
按微肥化合物类型，大致可分为：
- 易溶性无机盐。这类肥多数为硫酸盐。
- 难溶性无机盐。多数为磷酸盐、碳酸盐类，也有部分为氧化物和硫化物。例如，磷酸铵锌、氯化锌等。适于做基肥。
- 玻璃肥料。多数为含有微量元素的硅酸盐粉末，经高温烧结或溶融为玻璃状的物质，如冶炼厂的炉渣等，一般只能做底肥。
- 螯合物肥料。是天然或人工合成的具有螯合作用的化合物，与微量元素螯合而成的螯合物，如螯合锌等。
- 含微量元素的工业废渣。