土壤中需要的微量元素是指铁、锰、锌、硼、铜、钼等，这些元素在植物中的含量很低，但不可缺。这些元素对农作物的生长有特殊的功能，不能被其他元素替代。因为它们大多是酶的组成成分或能提高酶的活性。
硼肥主要是硼酸和硼砂。它们都是易溶于水的白色粉末，含硼量分别是17％和13％。通常把0.05～0.25％的硼砂溶液施入土壤里。
锌肥主要是硫酸锌（ZnSO4·7H2O，含Zn约23％）和氯化锌（ZnCl2，含Zn约47.5％）。它们都是易溶于水的白色晶体。施用时应防止锌盐被磷固定。通常用0.02～0.05％的ZnSO4·7H2O溶液浸种或用0.01～0.05％的ZnSO4·7H2O溶液作叶面追肥。
钼肥常用的是钼酸铵[(NH4)2MoO4]，含钼约50％，并含有6％的氮，易溶于水。常用0.02～0.1％的钼酸铵溶液喷洒。它对豆科作物和蔬菜的效果较好，对禾科作物肥效不大。
锰肥常用的是硫酸锰晶体（MnSO4·3H2O），含锰26～28％，是易溶于水的粉红色结晶。一般用含锰肥0.05～0.1％的水溶液喷施。
铜肥常用的是胆矾（CuSO4·5H2O），含铜24～25％，是易溶于水的蓝色结晶。一般用0.02～0.04％的溶液喷施，或用0.01～0.05％的溶液浸种。
铁肥常用绿矾（FeSO4·7H2O）。把绿矾配制成0.1～0.2％的溶液施用。
微量元素肥料的肥效跟土壤的性质有关。在碱性土壤中，上述六种微量元素，除钼的有效性增大以外，其他都降低肥效。对变价元素来说，还原态盐的溶解度一般比氧化态盐大，所以土壤具有还原性，铁、锰、铜这些元素的肥效增大。土壤有机质中的有机酸对有些元素有配合作用，跟铁形成的配合物能增大铁的肥效，但会降低铜、锌的肥效。