伦理学或称道德哲学，是对道德的哲学研究。道德是关于人类行为是非善恶的信念和价值，体现在关于人类行为的规则或准则中。伦理学是对道德的哲学反思，对人类行为的规则或准则进行分析，提供论证，以解决在新的境遇中不同价值冲突引起的道德难题。
医学伦理学来源于医疗工作中医患关系的特殊性质。病人求医时一般要依赖医务人员的专业知识和技能，并常常不能判断医疗的质量；病人常要把自己的一些隐私告诉医务人员，这意味着病人要信任医务人员。这就给医务人员带来一种特殊的道德义务：把病人的利益放在首位，采取相应的行动使自己值得和保持住病人的信任。
所以，刻划医患关系基本性质的是信托模型：信托关系基于病人对医务人员的特殊信任，信任后者出于正义和良心会真诚地把前者利益放在首位。
公元前四世纪的《希波克拉底誓言》是医学伦理学的最早文献，其要旨是医生应根据自己的“能力和判断”采取有利于病人的措施，保持病人的秘密。
世界医学联合会通过的两个伦理学法典，即1948年的《日内瓦宣言》和1949年的《医学伦理学法典》，都发展了《希波克拉底誓言》的精神，明确指出病人的健康是医务人员要首先关心、具有头等重要地位的问题，医务人员应无例外地保守病人的秘密，对同事如兄弟，坚持医业的光荣而崇高的传统。
公元一世纪，古印度《吠陀》经和公元七世纪希伯来的《阿萨夫誓言》对医生也都提出类似的要求。公元七世纪中国孙思邈在《大医精诚》一文中也写有医者行为的准则，如“若有疾厄来求救者，不得问其贵贱贫富，长幼妍媸，怨亲善友，华夷愚智，普同一等，皆如至亲之想；亦不得瞻前顾后，自虑吉凶，护惜身命”等等。
中世纪的西方天主教学者从基督教神学伦理学的观点探讨医学伦理学，提出了双重效应学说，即一个行动可以引起有意的、直接的效应和无意的、间接的效应；如果不是有意的话，在某些条件下可以容忍一个行动带来的间接的坏效应。新教学者的观点非常接近天主教的观点，但他们强调应让病人知情，并就自己的医疗问题作出决定。
非宗教的医学伦理学是在洛克、杰弗逊和《人权法案》等的思想传统上发展起来的。1940年的《纽伦堡法典》是这种传统的体现，该法典放弃了受试者由研究人员保护的旧观念，代之以受试者具有自我决定权，从而要求做到知情同意的新观念。
但到了20世纪末，又有要求回到希波克拉底传统的趋向，认为病人的自主权不是绝对的，一切应以病人利益为转移。《后希波克拉底誓言》强调了病人利益放在首位，同时也包含了原来的《希波克拉底誓言》所没有的尊重病人价值和权利等的内容。
所有过去的医学伦理学的文献一般都含有美德论和义务论两个内容。美德论讨论有道德的医务人员应具备哪些美德、哪些品质。许多文献都认为医生应具有仁爱、同情、耐心、细心、谦虚、谨慎、无私、无畏、诚实、正派等美德。义务论讨论医务人员应做什么，不应做什么。
现代医学伦理学则有两个新的方面：其一，由于医疗卫生事业的发展，医学已经从医生与病人间一对一的私人关系发展为以医患关系为核心的社会性事业。作为一种社会性事业，就要考虑收益和负担的分配以及分配是否公正的问题，尤其是卫生资源的公正分配和尽可能利用这些资源使最大多数人得到最佳医疗服务等涉及卫生政策、体制和发展战略问题。这构成了医学伦理学一个新的内容，即公益论。
其二，以往的医学伦理学提出的医生的道德义务，或道德价值和信念都是绝对的，是一种“至上命令”，因为它们的权威被认为来自神圣的宗教经典，或来自不朽的医圣。因此，不管是以法典还是案例体现的这些规范或价值无条件地适用于一切情况。
但由于生物医学技术的广泛应用和迅速发展，医疗费用的飞涨，以及价值的多元化，现代医学伦理学更多地涉及病人、医务人员与社会价值的交叉或冲突，以及由此引起的伦理学难题。例如古代中、西医学的传统都不允许堕胎术，但妇女要求在生育问题上行使自主权，以及人口爆增引起的节制生育的社会需要，对上述传统价值提出了挑战。在应孕妇要求实施人工流产术时又要考虑手术对她健康的影响以及胎儿的地位。
医学伦理学的主要理论包括道义论和后果论。道义论认为行动的是非善恶决定于行为的性质，而不决定于其后果。如某些医生认为应把病情严重的真相告诉临终病人，而不管可能引起的后果，因为“隐瞒”、“说假话”或“欺骗”这种行动本身是不应该的。又如认为医疗卫生是福利事业，不应成为商品而进入市场机制，这也是一种道义论论证。
反之，后果论则认为行动的是非善恶决定于行为的后果，并不决定于其性质。如有的医生认为不应把病情严重的真相告诉临终病人，因为这会引起消极的后果。后果论要求在不同的治疗方案中作出选择，最大限度地增进病人的利益，把代价和危机减少到最小程度。道义论和后果论在医学伦理学中都十分重要，但同时又都不完善。
在医学伦理学中有三个最基本的伦理学原则：病人利益第一、尊重病人、公正。
病人利益第一这个原则要求医务人员不仅在主观上、动机上，而且在客观上、行动效果上对病人确有助益，又不伤害病人，即有义务不去有意地或因疏忽大意而伤害病人。
但医疗行动难免会给病人或第三者带来有害的后果，对此可以援用双重效应原则作为这种医疗行动的依据。即这些有害的后果不是直接的有意的效应，而是间接的可预见的但无法避免的效应。如化学疗法可抑制肿瘤(直接的有意的有利效应)，但有副作用(间接的可预见的不利效应)。
医务人员在医疗工作中起着家长一样的作用，这称为医学家长主义。坚持家长主义的理由是病人不懂医学，患病后身心处于软弱地位，不能作出合乎理性的决定，为了病人利益，应由医务人员代替病人作出决定。
为了病人自身的利益而对病人的行动加以干涉，这是家长主义的干涉。如果病人的行动危害他人或社会，医务人员更应加以干涉，这是非家长主义的干涉。
尊重病人首先是尊重病人的自主权利(有权利就关于自己的医疗问题作出决定)。但有些病人由于年幼、无知、智力低下、精神不正常等，降低或缺乏了自主作出合理决定的能力，这是医务人员应加以干涉，以便保护病人不受他们自己行动造成的伤害。这种家长主义的干涉是正当的。
尊重病人或受试者的自主权利这一原则要求，医务人员或研究人员在试验或实验前取得前者的知情同意。受试者在作出接受实验的决定前，应知道实验的性质、持续时间和目的、方法和手段；可能发生的不方便和危害，以及对他的健康和个人可能产生的影响。
公正的形式原则指在形式上要求对在有关方面相同的人要同样对待，对在有关方面不同的人应该不同对待。这些有关方面可以是个人的需要、能力、已经取得的成就，或已经对社会作出的贡献、对社会可能作出的潜在贡献等。公正原则在讨论医疗卫生资源的宏观分配和微观分配时十分重要。
医学伦理学经常讨论的主要问题有：
健康和疾病的概念。这在规定医疗范围和医务人员的义务中起重要作用，世界卫生组织所下的健康定义包括身体、精神和社会方面的完全良好。许多人认为这个定义过于宽泛，会使医疗卫生的范围过大，社会不胜负担。较窄的健康定义仅包括身体和精神上的良好，或仅限于身体上的良好。
医患关系涉及医学伦理学许多基本问题，其中最重要的是病人的权利和医生的义务问题。传统的医学伦理学强调医务人员所做的一切必须有利于病人，而不管病人的愿望如何，这是家长主义模型。后来在西方，随着民权运动的发展，更强调尊重病人的意见，这是自主模型。现在正在设法把二者统一起来。
人工授精、体外受精、代理母亲等生殖技术给人类提供了非自然的生殖方式，引起一系列概念、伦理学和法律问题。比如人工授精把有第三者参与的合子引入婚姻关系，是否会破坏家庭的基础？供体精子人工授精育成的孩子具有什么法律地位？供精是否应该检查、限制次数、保密和商业化？对人类胚胎的研究应否控制？是否应该禁止在产前进行性别选择？这些问题的讨论往往要求在政策和法律上作出相应的决定。
避孕、人工流产和绝育等也是使恋爱、性交与生殖生育分离的技术，因此遭到宗教或非宗教权威的反对。另一方面，对智力严重低下者以及严重的精神病人是否应该实行强制绝育，也是一个争论不休的问题。这是一个至今使医务人员感到为难的问题。
产前诊断、遗传学检查，遗传学筛选、遗传咨询、基因治疗、基因工程等技术有利于人们及早发现遗传性疾病，但这些技术引起了这种检查和筛选是否可以强制进行、是否应该限制严重遗传病患者的婚育、遗传信息是否应该保密、遗传咨询服务是否应该免费，以及这些技术带来的利害得失如何权衡等伦理问题，应用遗传学技术减少遗传病患者的人数、改进人口质量又如何在目的和方式上与纳粹德国提倡的所谓优生运动相区别？
由于生命维持技术的发展和应用，医务人员可以使不可逆昏迷的脑死亡病人和持续性植物状态的人继续维持其生物学生命，但他们永远失去了意识和运动能力。这使得人们感到有必要重新考虑死亡概念和重新给死亡下定义的问题。
安乐死的伦理学问题是医学伦理学讨论得最活跃和争论得最激烈的一个问题。目前，自愿的被动安乐死，即根据临终病人的要求不给他或撤除治疗，已为许多国家的法律所承认，无行为能力的病人也可由代理人作出决定。
分歧较大的是主动安乐死问题，这主要是因为对结束病人生命的主动行动与不给、撤除治疗的被动行动之间是否有性质区别，尚有不同意见。在主动安乐死的情况下，死亡的原因是疾病，还是行动，以及采取行动的人是出乎善意，还是出乎恶意，这也难以断定。
卫生政策中最有争论的问题是一个国家是否应该让医疗卫生社会化，如应实行公费医疗或医疗保险，还是让医疗卫生商品化，还是采取某种混合折衷的方式。