60年代早期“分子进化钟”的发现与60年代末期“中性理论”的提出是本世纪进化学的重大事件，是古老的进化学与新生的分子生物学两者“杂交”的产物。它们的相继问世极大地推动了进化尤其是分子进化研究，填补了人们对分子进化即微观进化认识上的空白，并在生物医学等领域产生了广泛影响。
随着不同生物来源的大量蛋白质序列的确定，Zucherkandl等发现：某一蛋白在不同物种间的取代数与所研究物种间的分歧时间接近正线性关系，进而将分子水平的这种恒速变异称为“分子钟”。
支持进化钟存在的证据来自哺乳动物与其它脊椎动物诸如血清白蛋与转铁蛋白等的免疫学（如微量补体固定）定量比较。人们发现多肽间的免疫距离（如抗原性）与其氨基酸取代百分数成良好的线性相关，如鸟溶菌酶、哺乳动物RNase、细胞色素C与白蛋白、大肠杆菌色氨酸合成酶等。虽然这种相关性的分子基础尚不清楚，但这种客观存在经过反复验证后是不容置疑的。免抗血清由此成为初步估算球形单体蛋白间序列差异的有效工具，但其适用范围0-30%的氨基酸差异。
自从进化钟假设提出之后，存在许多反驳它的相反事实与异议。这些异议主要针对序列进化的恒速。分子进化钟的最明显的例外之一是分子序列证据与化石证据在人类起源时间上的差异。60年代中期，许多人类学家认为人类在3000年前与我们最近的亲属-- 非洲猿分歧。根据分子钟假设，分歧3000万年的物种氨基酸序列差异的应达4-5%、非重复序列DNA差异应约为8%，但实测值分别为0.8%与1.1%。对这种6倍左右的差别有两种解释。许多人类学家倾向于怀疑钟的存在，并认为在高等灵长类中分子进化速率下降。总之，虽然大部分分子进化学家同意序列进化与分歧时间密相关，但进化是以年限还是以代限为刻度则仍有分歧与争议；而且因为纵多因素的影响，与进化钟相左的数据，无论是用氨基酸、核苷酸序列差异、免疫学距离，还是用DNA杂交复性等参数，均不断有所报道，其论争预计将继续下去。自从60年代初发现分子进化钟--“分子进化速率在不同种系中恒定”以来，人们又陆续发现蛋白质中氨基酸的置换是随机而非模式性的；DNA在哺乳动物种系的总变异速率远远高于形态上的变异速率并远远超出人们的预期的大于0.5核苷酸/ 基因组/ 年；蛋白质电泳表明物种内存在大量的变异即广泛的种内多态性，且这些多态性并无可见的表型效应，与环境条件亦无明显相关。以上这些都是新达尔文主义与综合进化理论所难以解释的。
面对上述问题，日本群体遗传学家木村资生（Motoo Kimura）提出：(1) 进化过程中的核苷酸置换其绝大部分是中性或近似中性的突变随机固定的结果而不是正向达尔文选择的结果：(2) 许多蛋白质多态性必须在选择上为中性或近中性，并在群体中由突变引入与随机灭绝间两者的平衡维持。