生活史尚未完全了解的一大类真菌。大多只发现其无性阶段，即其营养菌丝和各种无性孢子，而未见到有性生殖过程。一旦发现有性孢子，即归入相应的亚门。其原因一是有性阶段尚未发现；二是受某种环境条件的影响，几乎不能或极少进行有性生殖；三是有性生殖阶段已退化。因为只了解其生活史的一半，故统称为半知菌或不完全菌。营养体大多是有隔的分枝菌丝，有些种类形成假菌丝。其繁殖方式主要有两种：（1）生活史中仅有菌丝的生长和增殖，菌丝常形成菌核、菌索。不产生分生孢子。有的种类可形成厚垣孢子。腐生或寄生，是许多植物的病原菌，如立枯病菌。（2）绝大多数的半知菌都产生分生孢子：在半知菌的有隔菌丝体上形成分化程度不同的分生孢子梗，梗上形成分生孢子。分生孢子梗丛生或散生。丛生的分生孢子梗可形成束丝和分生孢子座。束丝是一束排列紧密的直立孢子梗，于顶端或侧面产生分生孢子，如稻瘟病菌；分生孢子座由许多聚成垫状的短梗组成，顶端产生分生孢子，如束梗孢属。较高级的半知菌，在分生孢子产生时形成特化结构，由菌丝体形成盘状或球状的分生孢子盘或分生孢子器。分生孢子盘上有成排的短分生孢子梗，顶端产生分生孢子，如刺盘孢属；分生孢子器有孔口，其内形成分生孢子梗，顶端产生分生孢子。分生孢子盘（器）生于基质的表面或埋于基质、子座内，外观上呈黑色小点。
半知菌分类以应用方便为主，不以亲缘关系为依据，一般根据孢子梗和孢子的形态及产生方式分类。许多已发现有性世代的半知菌，均已分别归属，如青霉菌属、曲霉菌属及赤霉菌属已归入子囊菌亚门，以下几属为仍属于半知菌亚门的重要代表。
假丝酵母属（Candida） 细胞圆形、卵形或长形，多边芽殖形成假菌丝；有的具真菌丝，可形成厚垣孢子，不形成节孢子。无子囊孢子。本属有的可用于生产酵母蛋白，供食用或饲料用，如产朊假丝酵母（C.wtilis），其蛋白质及维生素B的含量均高于啤酒酵母，热带假丝酵母可氧化烃类，以石油为原料可生产酵母蛋白，也可利用工业废料。白色假丝酵母（C.albicans），医学上称白色念珠菌，可引起念珠菌病，为条件致病菌，常见于健康人的口腔及肠道中。
白僵菌属（Beauveria） 常见的昆虫寄生菌。寄主范围很广，主要侵染幼虫，有的也见于成虫。孢子在虫体表萌发后穿过体壁进入虫体，致使虫体僵死，呈白色茸毛状至粉末状。分生孢子梗瓶状，可多次分叉，孢子球状或卵状，在密集的孢子梗上成团，形成密实的孢子头。可用于防治松毛虫等农林害虫，但也侵染家蚕，造成养蚕业的重大损失。我国著名的中药僵蚕，即为白僵菌寄生致死的家蚕幼虫。白僵菌产生的一种抗生素：卵孢霉素（Oosporin，C14H10O8）是一种抗真菌的抗生素，但对脊椎动物幼体有剧毒，对小麦、燕麦、豆科植物有明显药害。人接触大量白僵菌孢子，能产生类似感冒的短期症状。
交链孢属（Alternaria） 菌丝暗褐、灰黑色至黑色。分生孢子梗较短，单生或丛生，大多数不分枝，与营养菌丝几乎无区别。分生孢子呈纺锤状或倒棒状，顶端延长或成喙状，多细胞，有壁砖状分隔，常数个成链，一般为褐色。尚未发现有性世代。是土壤、空气、工业材料上常见的腐生菌，有的是栽培植物的寄生菌。某些种可用于甾族化合物转化。