尽管国家税务总局先后发布了《关于试点物流企业有关税收政策问题的通知》和《关于物流企业缴纳企业所得税问题的通知》，在国家政策层面基本上解决了物流企业在税收方面遇到的突出问题，但是，作为一个新兴的产业，物流业涉及面非常广，再加上各地情况千差万别，目前不少物流企业在税收方面仍然面临着不少问题。
一是关于物流企业的认定问题。这是地方税务部门执行物流企业税收政策首先遇到的问题。虽然，目前已经有了《物流企业分类与评估指标》国家标准，但这个标准的认定和执行还需要时间。就目前情况看，笔者认为应该以国家发改委和交通部等九部委的文件为依据，即物流企业是指具备或租用必要的运输工具和仓储设施，至少具有从事运输(或运输代理)和仓储两种以上经营范围，能够提供运输、代理、仓储、装卸、加工、整理、配送等一体化服务，并具有与自身业务相适应的信息管理系统，经工商行政管理部门登记注册，实行独立核算、自负盈亏、独立承担民事责任的经济组织。符合上述条件的，各级税务部门就应该认定为物流企业。
二是关于试点企业所属企业的问题。在各地有一些试点企业的所属企业不能够享受试点政策。这就需要明确什么是所属企业，是全资子公司，还是绝对控股或相对控股的企业？如何取得所属企业的相关证明，需要明确。
三是关于自开票纳税人资格认定的问题。自开票纳税人有自有车辆数量的规定，这样不利于整合社会资源。特别是一些集团型物流企业，就集团本身来讲有足够的车辆，但具体到某一家下属公司，因为没有运输车辆而不能取得自开票纳税人资格，也就享受不到营业税差额纳税的政策。
四是关于非试点物流企业的问题。国税发文后，个别地方作了片面理解，指出“凡不属于国税发〔2005〕208号文件规定的试点物流企业名单范围内的物流企业开具的货物运输发票，一律不予计算抵扣进项税额。”其实，早在208号文出台前，国家税务总局国税发[2004]88号《关于货物运输业若干税收问题的通知 》就允许，不论物流企业还是运输企业，开具的货物运输发票，都可以计算抵扣进项税额。208号文是88号文的延伸，并没有否定88号文，因此非试点物流企业还应该执行88号文的规定。
五是关于第二批试点企业的申报问题。第一批试点企业开始试点后，许多物流企业纷纷要求纳入第二批试点。于今年5月召开的全国现代物流工作部际联席会议第二次会议，在《纪要》的附件中提出，国家税务总局牵头会同国家发改委、财政部继续落实《关于试点物流企业有关税收政策问题的通知》，在总结前期物流企业试点基础上，积极稳妥地推进现代物流企业试点工作。
六是关于整合个体户车辆的发票抵扣问题。有试点企业反映，他们在实际操作中由于整合利用了个体户的车辆，没有原始发票可以抵扣，还是不能享受试点政策。类似这样的问题，应该寻求一个解决的办法。
七是关于仓储业发票税率偏高和不能抵扣增值税的问题。仓储及其他物流服务业不仅税率高于运输业，而且还不能抵扣进项税额，这样不利于一体化物流业务的开展，也给管理上带来了一定的困难。
八是关于仓库租金能否抵扣的问题。国税208号文有这样的规定：“试点企业将承揽的仓储业务分给其他单位并由其统一收取价款的，应该以企业取得的全部收入减去付给其他仓储合作方的仓储费后的余额为营业额计算征收营业税。”有试点企业提出，他们取得的仓储业务收入约60%要支付仓库的租金，而这一块希望纳入抵扣范围。
九是关于所得税属地缴纳的问题。虽然国税函[2006]270号文中已经说明，符合条件的物流企业可以统一缴纳所得税，但由于体制的限制，许多企业还不能够享受这项政策。有的企业甚至每开一个分支机构，当地都会要求重新登记注册，把税务关系留在当地，这样很不利于网络型物流企业的发展。
十是关于减轻税负和涵养税源的关系。由于各地情况不同，物流企业实际税负有比较大的差异。我们不仅要关注名义税率，更要努力做到物流企业的实际税负大体平衡。从总体上来看，解决物流企业重复纳税的问题，减轻物流企业的税务负担，不仅有利于物流企业的发展，有利于社会资源的整合，也有利于从整体上扩大税基，涵养税源。