物流系统可以有多种操作模式，同样也可以有多种组织形式，按照现行的发展情况，主要是以下三种形式：
1． 以货主为核心，组织铁路、海运运输，即生产企业和商业企业承担了供应物流的职责。
2． 以铁路或海运承运人为核心，组织货源，安排运输，即生产企业和商业企业将干线运输外包给承运部门。
3． 以第三方货运代理为核心，组织货源并安排全程运输，实行全程“一条龙”服务。
在整个物流过程中，无论是货主还是承运人都是必须存在的，由于各自具备的实力不同，致使其所处的地位不同。货主的优势在于有实实在在的货源，而承运人则有物流比备的运输工具，作为第三方的货运代理却可以提供沟通货主与承运人各种服务，他们各司其职，发挥各自的能力，共同完成一个物流程序。究竟哪种组织形式最好，同样要经过市场的检验，凡是能够充分发挥各种优势，创造最大效益的，就能成功并发展壮大。
物流系统中的电子商务
目前，在我国物流业快速发展的促动下，要求电子商务必须尽快完善其管理制度和规则，解决电子商务企业间合作的信誉保障以及安全等问题。 因此，物流体系无论采取何种形式的操作程序和组织形式进行运营，都应首先以市场为导向， 合理进行资源配置，以高科技信息化作为发展的核心手段，打破各部门、各行业和所有制的界限，建立规模合理、专业高效和有较强市场竞争力的物流服务网络。
现代信息技术的发展为物流的操作打下了准确、快捷的良好基础。高效的物流设施和运作，离不开每一个物流环节中的电子化管理和快速的电子信息传递。在物流系统中充分利用电子商务技术，不仅可以节省人力、物力、财力。还有高效、快捷的优势，从而降低操作成本。通过网络联机操作。还可以随时跟踪物流操作进程，多方同时核准操作准确度。因此，电子商务的出现推动了物流体系的发展，而物流体系的不断健全和完善，也为电子商务的广泛应用提供了必要条件。物流和电子商务，必然实你中有我，我中有你，互相依赖，共同并存和发展，才能够适应市场需要，快速也国际接轨，参与国际市场的竞争与合作。