如何降低人力成本
连锁药店经营成本高，其中一个重要方面就是人力成本高。它主要表现在以下方面：
店经理多：由于门店多，大多数门店面积不大，但是每个店都得配一名店长，这样管理人员比平价药品超市要多得多，一家1500平方米面积的平价药品超市，相当于连锁药店企业20个中型门店，但是店长只有一个。
药师多：按照国家GSP要求，每个门店都得配一名执业药师，这样连锁药店在执业药师方面的成本必然上升。
此两项是连锁药店人力成本最高的两项，但必须配备。此外，稍微大点的门店，两班倒，需要的营业员自然也多。
督导员多：一些大型连锁药店从总部派出中高级经营管理人才对门店进行督导，进一步导致成本增加。
降本锦囊第一招：店长和高层人才全部本地化，总部不再外派。总部有计划地进行系统的经营管理培训，把本土人才培养成经营高手。
第二招：将店长和执业药师合二为一，即把执业药师培养成店长，或者让店长必须考取执业药师资格证书，以降低二者不同身份而增加的管理成本。
第三招：有保有压，减少不具备竞争力的门店数量，扩大可以保证收益的门店的营业面积，吸引厂家住店促销，减少本店固定业务员数量，以此来提高效益和利润。
如何降低物流与仓储成本
物流配送应该是连锁药店的核心竞争力之一，通过大批量采购来降低采购成本，提高企业的综合价格竞争优势。但是，物流成本高是连锁药店统一配送中最为突出的问题，主要表现在以下两方面：
物流业发展滞后：在我国，从传统货运到专业管理的新型物流业只是近几年的事。目前，我国铁路网络的落后现状和垄断式经营，以及公路货运在各省的多层收费，使得货运成本大大提高，现有的物流业与我国连锁超市的快速发展是不相适应的。另外，专业化的医药物流公司多在萌芽阶段，滞后的物流及物流管理将成为制约连锁药店发展的瓶颈。
连锁药店缺乏规模效应：有些连锁公司异地开店数量较少，规模小相应地配送量也小，与货运公司讨价还价没有太多优势，物流成本必然较高。此外，直达本店的区域内配送也是物流成本增加的因素之一，一些连锁药店出于成本的考虑，在本地市的配货是每周一次，基本上无法做到次日送达的发达国家标准。
降本锦囊第一招：利用社会物流。目前物流业呈迅猛发展之势，根据社会分工的原理，社会物流具有较高的服务水准、较低的运作成本、较高的工作效率，利用社会物流可以承担仓储、运输、配送、装卸等多项工作。
第二招：批发商和零售药店合作沟通建设物流系统，比如大的医药批发企业可以和大的全国性连锁零售企业强强联合，共同投资建立药品物流系统，保证大部分品种的本地化供应和减少外地药品配送数量。
第三招：几家连锁药店共同投资共建可以共享的物流配送系统，保证统一配送。
第四招：总部批量采购，厂家异地供货，即总部设虚拟仓库。由总部统一进仓和配送，可能会产生厂家最为担心的串货问题。为解决这一问题并降低物流成本，可以统计异地连锁药店各产品年销量，在总部统一采购，然后把各地连锁药店的要货量传给厂家，通知厂家在各地的办事处就地供货。这样发生的只是通讯费，物流费用由厂家负责，厂家只要能控制串货也乐于配合。
如何上规模增效益
在扩大规模的同时如何降低成本、增加盈利，是所有连锁药店共同的课题。
降本锦囊放弃的哲学：对于不能盈利的连锁门店，规模太小的连锁药店，人员效率太低的连锁药店，一律采取果断措施，予以整合，关停并转，不能仅盯着门店数量而不重视门店经营质量。
创新的意识：面对平价药品超市的强力介入竞争，应该在目标人群定位、经营方式方法定位上与其有所区别，形成自己的信誉和特色，靠差异化经营取胜，比如靠药学服务、购买方便、特色药品齐全等，与平价药品超市和单体药店抢夺生意。
系统的策划：这里所说的策划，既包括经营管理，又涉及药店市场营销。比如，如何提高进店顾客购买率？如何提高单位货柜空间的营业额？如何规划品种结构？如何通过促销提高药店知名度、美誉度？如何培养药店忠诚顾客？这一切都必须按照企业经营方式科学运作，才能形成特色，吸引顾客。