1.容易引发缺铁性贫血。植物食品只含非亚铁血红素的铁，不如肉食中亚铁血红素的铁好吸收。人体对来自植物食品铁的吸收情况较差，所以虽然素食的含铁量比荤食高，但素食者体内铁的存量却较低。
2.容易缺乏维生素B12，后者是造血过程和神经系统所必须的。维生素B12几乎只存在于动物性食品中，螺旋藻类、海生植物、大豆发酵食品和日本豆面酱所提供的维生素B12是缺乏活性的，而不是有活性的。因此，素食者应该使用维生素B12补充剂。
3.容易缺钙，不利于骨骼健康。奶蛋素食者的钙的摄入量与非素食者相当或比他们高。但完全素食者的钙摄入量则比奶蛋素食者和杂食者都要低。因此，完全素食者应该适当补钙。
4.容易缺锌，影响免疫功能和性欲等。素食者锌的摄入量比非素食者低。由于植物锌的生物利用率低，又由于锌水平变化的边际效果还不清楚，所以素食者应该努力达到或超过锌的推荐食入量
5.摄入蛋白质的质量比较低。素食者完全可以通过植物获得与非素食者一样多的蛋白质，但是植物蛋白的质量比动物蛋白要差一些，赖氨酸等必须氨基酸要少些。不过，只要注意选择大豆制品和坚果类富含蛋白质质量较好的食物，一般在吃素的同时不需要另外补充蛋白。
6.热量低。长期素食，由于蛋白质与脂肪严重不足，容易引发营养不良。安徽医科大学对九华山一些寺庙中的90多名僧尼检查发现，多数人存在着不同程度的营养不良。长期吃素的妇女所生的孩子往往存在生长发育障碍。蛋白质是建造和修补人体组织的主要原料，长期缺乏则对机体的抗病能力影响极大；脂肪产热量高，不饱和脂肪酸更是"人脑的食粮"，对促进大脑智力发展极为重要。所以长期素食对生长发育迅速的青少年危害更甚。经常吃素的少女往往月经来潮推迟，吃素的女运动员容易发生继发性闭经。
7.素食还容易引起微量元素和维生素缺乏症。人体必需的元素如锌、钙、铁等主要来自荤食。素食中锌、钙、铁含量少，且含有较多的植酸和草酸，反而会阻碍锌、钙和铁等元素的吸收。根据我国国情，选择荤素结合的饮食结构为宜。对于肥胖症、糖尿病、心血管疾病者，可适当多吃点素食，而对于生长发育期的儿童及营养不良、微量元素缺乏者，不妨多吃点荤食。