纳他霉素作为食品防腐剂，应用非常广泛。Bunger等 将山梨酸酯防腐剂，纳他霉素和二羟基碳酸盐组成的抗菌混合物处理饮料和其他食品的制作过程，特别是果汁饮料、钙饮料、茶饮料、含牛奶固型物和蛋白质的饮料等，可以有效防止饮料中微生物学生长。
在酱油中添加15mg／kg的纳他霉素，可有效抑制酵母菌的生长与繁殖，防止白花的出现，而且纳他霉素使用成本低，对酱油的品质和风味无任何影响。J0hn等 研究了把纳他霉素和环糊精形成包含络和物，不仅能极大地增加纳他霉素的水溶性，而不影响它的原始结构和抗菌活性，同时便于将纳他霉素溶液均匀喷雾于奶酪表面。Haan Deben Rudof等 8J发明了纳他霉素和其他抗菌素制成混合的粉剂，用来处理香肠和干酪等食品。这种方法可以将香肠在12℃下至少保存6O天以上，而不发生霉变。纳他霉素还可以应用干果酱、黄油、桔汁、沙拉酱防霉方面 .
纳他霉素的发展前景
纳他霉素作为一种微生物防腐剂以它安全、天然、健康的特点而倍受人们的关注，各国纷纷投入人力物力对其进行研究。纳他霉素具有许多优点：延长食品的保质期，防止酵母和霉菌引起的变质；减少因为变质而引起的食品回收，降低生产成本；满足消费者对天然食品的要求；不改变食品的风味；低剂量、高效率；抗菌作用时间长等等。敌霉速(LYTOCID)是由台湾利统股份有限公司出品的高效霉菌、酵母菌抑制剂，主要成份是纳他霉素，可广泛用于各类食品(如乳制品、肉制品、烘焙制品等)保鲜。
国内卫生部也已批准使用，敌霉速中纳他霉素含量I>50％ 。纳他霉素作为医学上的高效抗菌剂，目前研究非常多。国外已经有公司Intercontinental MedicalBook Corp生产了商品名为Natacyn的眼药，用于治疗真菌用引起的眼科疾病。随着纳他霉素生物合成基因簇理解的不断深人，将积极推动采用基因工程技术提高纳他霉素生物合成能力或改造其化学结构的工作，获得了新型纳他霉素衍生物。纳他霉素的研究将一直是一个热点。