酱油是我国传统调味品，优质酿造酱油味道鲜美、营养丰富、色泽红褐透亮，给菜肴增鲜亮色。但酱油在长期储存中易受微生物污染产生变霉、变味、变质，营养与外观受损，虽在酱油酿造中经加热灭菌处理，但如二次污染仍易霉变。据国内外大量研究与应用，在酱油中添加防腐防霉剂可防止变霉、变质。这些防腐防霉剂有：
对羟基苯甲酸酯类
对羟基苯甲酸酯类无色无味无毒、抗菌广谱，对细菌、酵母、霉菌都有抗菌作用，对食品的化学活性极低，防腐持续性强，适应pH广，化学性质稳定，无论在酸性、碱性、中性均能奏效。对羟基苯甲酸酯类具有酚基结构，比苯甲酸与山梨酸钾防腐剂使用量少、抗细菌性强，毒性低。在酱油中应用效果好。添加对羟基苯甲酸酯用量均按对羟基苯甲酸用量标准。日本酱油中添加苯甲酸为0．25g／l。
丁香、甘草、迷迭香
丁香、甘草、迷迭香对食品常见的污染菌有抑菌作用，应用于酱油保存防霉，可取代常用的化学防腐剂苯甲酸钠，同时也赋予酱油特殊香味，应用效果显著。丁香的抑菌谱宽，对酵母、细菌、霉菌都有较强的抑制力，最低抑菌浓度（MIC）较低（3．125—6．25mg／ml），热稳定性好（100℃以内稳定），适应pH宽（pH4．0—6．0）。迷迭香与丁香各项性能相似，各项指标略低，但有较强的抗氧化性。甘草对细菌的抑制力强，在温度低于80℃环境中性质稳定。
双乙酸钠
双乙酸钠是霉菌和细菌的高效抑制剂，尤其对黄曲霉素有较强的抑制作用。它通过渗透于微生物细胞壁，干扰细胞内各种酶体系而产生作用。酱油中添加0．05％—0．1％双乙酸钠酱油的适口性与防霉效果均好，可直接添加到加热后的生酱油中，然后澄清、贮存。使用该防腐剂成本较低。
脱氢醋酸钠
脱氢醋酸钠是国家批准确认的新开发的一种广谱类抑菌力极强的食品防腐剂，对霉菌、酵母菌、细菌的抑制力强，不仅可用于酱油、酱菜等调味品防霉，还可用于面包、蛋糕、饮料等食品防腐、防霉，作用持久。
乳酸链球菌素
乳酸链球菌素是广谱防腐剂，酱油中使用量50—100μg／ml，就能有效抑制酱油中的腐败细菌，可代替化学防腐剂苯甲酸钠等，并能减轻酱油和巴氏杀菌强度，保持酱油原有的营养成分、风味、色泽，延长保存期。
苯甲酸及苯甲酸钠
苯甲酸作为酱油防腐剂，国内外广为应用，因其溶解性好，毒性低，但防腐效果较低，用量需多，国外为0．006％。苯甲酸用量与4倍的对羟基苯甲酸丁酯对产膜酵母、乳酸菌杀菌效果大致相同，应用于酱油中以pH4．5—5．0时效果好，pH大于5．2时防腐效果急速减弱。
维生素K3
维生素K3对酵母、曲霉、青霉及丝状菌都有防腐作用，使用简便。酱油中使用量0．05％—0．001％，就能对生霉的微生物起抑制作用。维生素K3与苯甲酸钠混合应用，对酱油防霉效果也好。
对酱油有防腐作用的还有已酸甘油酸酯、香草酸酯、山梨酸、乙醇、壳聚糖等。