大豆多肽的应用已经得到一定的推广，但是也存在一些问题。
大豆多肽的价格是大豆分离蛋白的5～10倍，作为食品营养添加剂，其应用受到一定制约，所以生产厂商纷纷在“功能”概念上做文章。在大豆多肽推广的初期，宣传上从功能入手是必要的，但是，必须了解大豆多肽功能与结构的关系，必须提供与功能相符合的大豆多肽产品。
在目前的市场情况下，生产商在推广大豆多肽时，必须突出和呈现它的功能，而不是仅仅作为“概念”来宣传，如果不注意这个问题，只要一两个大产品宣传的功效不明显，大豆多肽的应用前景就会暗淡下来。
在大豆多肽产品的开发应用过程中，需要把握以下几个问题：
●不要混淆营养添加剂和功能添加剂的概念
大豆多肽的应用有两个方面，一方面是作为营养添加剂，主要应用于氮源营养的强化，并突出其较好的工艺性能，如水溶性、凝胶软化性等。另一方面是作为功能添加剂，主要作为功能食品的功能因子，所突出的是它所具有的生理调节功能，如减肥、降脂、抗疲劳等。
大豆多肽作为营养添加剂的应用也是非常广泛的，在食品、饮料中的应用具有许多的优势。但是，不能以营养型的大豆多肽代替功能型的大豆多肽，如果这样做，就会出现功能不明确，使用量加大，增加使用成本或是产品的口味和感官要求无法满足等问题。
因此，如果要开发某一功能的产品，必须应用具有相对应功能的大豆多肽。
●大豆多肽的功能与提取工艺相关联
大豆多肽的功能是与它的分子量分布相关联的。不同功能的大豆肽，分子量的分布是不一样的，为了达到功能的最优化，需要采用不同的工艺来制备不同功能的大豆多肽。例如：具有降脂功能的大豆多肽（5000D左右）与抗氧化的大豆多肽（2500D左右），他们的制备工艺就有很大的区别。
因此，我们不能用一种分子量分布的大豆多肽来对应大豆多肽所有的功能，用一种生产工艺来生产具有所有功能的大豆多肽。
●大规模生产大豆多肽技术尚需完善
由于不同功能的大豆多肽的生产工艺并不统一，因此，目前大规模生产还存在一定问题。另外，大规模生产大豆多肽在酶解的工艺、分子量的控制、纯化等环节上并不稳定，特别是大规模生产的产品的卫生学指标很难达到国家的有关要求，因此，在选取大规模生产的产品时，要充分了解产品的各项技术指标。