一、进出口货运程序
1．订舱
发货人或货物托运人根据贸易合同或信用证有关条款的规定，在货物托运前一定的时间，填制订舱单向船公司或其代理人，或其他运输经营人申请订舱。
2．接受托运申请
船公司或其代理人，或其他运输经营人在决定是否接受发货人的托运申请时，首先应考虑其航线、港口、船舶、运输条件等能否满足发货人的要求。在接收托运申请后，应着手编制订舱清单，然后分送集装箱码头堆场、集装箱货运站，据以安排空箱及办理货运交接。
3．发放空箱
通常，集装箱货运的空箱由发货人到集装箱码头堆场领取，拼箱货运的空箱则由集装箱货运站负责领取。
4，拼箱货装箱
发货人将不足一整箱的货物交集装箱货运站，由货运站根据订舱清单的资料，核对场站收据装箱。
5．整箱货交接
由发货人自行负责装箱并加海关封志的整箱货运至集装箱码头堆场，码头堆场根据订舱清单，核对场站收据及装箱单验收货物。
6．集装箱的交接签证
集装箱码头堆场在验收货物和集装箱后，即在场站收据上签字，并将签署的场站收据交还给发货人，据此换取提单。
7．换取提单
发货人凭经签署的场站收据，向负责集装箱运输的人或其代理换取提单，然后去银行结汇。
8．装船
集装箱码头根据待装的货箱情况，制订出装船计划，待船舶靠泊后即行装船。
9．海上运输
海上承运人对装船的集装箱负有安全运输、保管、照料之责任，并依据集装箱提单条款划分与货主之间的责任、权利、义务。
10．卸船 ．
集装箱码头根据装船港承运人代理寄来的有关货运单证制订出卸船计划，待船舶靠泊后即卸船。
11．整箱货交付
如内陆运输由收货人自己负责安排，集装箱码头堆场根据收货人出具的提货单将货箱交收货人。
12．拼箱货交付
集装箱货运站在掏箱后，根据收货人出具的提货单将货物交收货人。
13．空箱回运
收货人和集装箱货运站在掏箱完毕后，应及时将空箱回运至集装箱码头堆场。
二、进出口主要货运单证
1．订舱单
订舱单是承运人或其代理人在接受发货人或货物托运人的订舱时，根据发货人的口头或书面申请货物托运的情况据以安排集装箱货物运输而制订的单证。该单证一经承运人确认，便作为承、托双方订舱的凭证。
2．装箱单
集装箱装箱单是详细记载集装箱和货物名称、数量等内容的单据，每个载货的集装箱都要制作这样的单据，它是根据已装进集装箱内的货物制作的。不论是由货主装箱。还是由集装箱货运站负责装箱，集装箱装箱单是详细记载每个集装箱内所装货物情况的唯一单据。
所以，在以集装箱为单位进行运输时，这是一张极其重要的单据，集装箱装箱单的主要作用有：
(1)在装货地点作为向海关申报货物出口的代用单据；
(2)作为发货入、集装箱货运站与集装箱码头堆场之间货物的交接单；
(3)作为向承运人通知集装箱内所装货物的明细表，
(4)在进口国、途经国家作为办理保税运输手续的单据之一；
(5)单据上所记载的货物与集装箱的总重量是计算船舶吃水差、稳性的基本数据。
因此，装箱单内容记载准确与否，对保证集装箱货物的安全运输有着密切的关系。
3．码头收据(场站收据、港站收据)
码头收据一般都由发货人或其代理人根据公司已制定的格式(4)有关机械设备的情况，正常还是异常。
进码头堆场时，码头堆场的工作人员与用箱人、运箱入就设备收据上共同审核的内容有：
(1)集装箱、机械设备归还日期、时间；
(2)集装箱、机械设备归还时外表状况；
(3)集装箱、机械设备归还人名称、地址；
(4)整箱货交箱货主名称、地址；
(5)进堆场目的；
(6)拟装船舶的船名、航次、航线、卸箱港。
4.进出口货物海关申报单
根据集装箱运输的特点，国际上有许多国家修改了本国海关法令规章和手续，使它适应集装箱成组化运输，也有不少国家共同缔结了关于集装箱货物运输的海关公约。在这些规章和公约中，海‘关手续被简化到最低限度，集装箱货物只要在启运国内陆地点经海关检验后，并在箱子加注海关封志就可以一直运到进口国家最终交货地点，由目的地海关检验放行。在运输过程中所经国家的海关仅对集装箱作一记录，并不检查箱子内货物的实际情况。
我国海关对进出口集装箱及所装货物的规定：
凡进口的集装箱货物直接运往内地设有海关的地点，则由口岸货运代理向海关申请办理转运(转点)手续，口岸海关将有关申报单证转交承运人负责带交内陆地海关，由内陆地海关查验放行。凡出口的集装箱货物，如果是在内地设有海关地点装箱的，则由当地发货人或货运代理向海关申报，由海关将有关申报单证转交承运人负责带给出境地海关凭以监督装船。
进出口货物海关申报单的主要内容：
(1)发货人的名称和地址；
(2)收货人的名称和地址；
(3)交货人地点、装货地点；
(4)途经中转地点；
(5)运输方式；
(6)装箱日期，箱量、填表日期、份数；
(7)单证申报人名称、地址；
(8)有关货物情况(货名、件数、标志、种类、包装、货运单位)；
(9)海关、单证申请人签署；
(10)有关备注、附件说明。
集装箱运输下，为满足其运输特点需要制定一些单证外，有些单证仍使用普通货物运输方式的单证，在此不一一说明。