(一)进口转关运输货物在运抵进境地海关1小时前，
申请人向指运海关提前办理申报手续。录入《进口货物报关单》电子数据，在报关单运输工具栏目录入转关标志“@”符及《进境汽车载货清单》条形码号，并在提运单号栏目录入承运车辆的车牌号，向指运地海关进行电子申报。属于需申领进口许可证件的商品，应交验进口许可证件。指运地海关电子审单不作退单处理的，申请人应对同一车次的报关单份数进行确认，计算机系统自动生成转关运输电子数据发送进境地海关。
经指运地海关审核的转关运输电子数据有效期为3天。超过期限仍未到进境地海关办理转关手续的，由海关规定自动撤消。
(二)承运进口转关运输货物的车辆入境时，行驶口岸转关运输专用通道。承运人向海关交验《进境汽车载货清单》，《司机签证簿》、关锁换领券办理转关运输手续。
(三)进境地海关根据《进境汽车载货清单》条形码号调阅转关运输电子数据资料，审核无误后，在《进境汽车载货清单》上加贴关锁条形码，加盖“验讫章”，其中一份由进境地海关留存、另一份由承运人带交指运地海关；对车辆施加关锁后放行，同时计算机系统向指运地海关发送转关运输信息，车辆自动识别系统登记车辆的进境记录。
(四)对口岸通道无法调阅指运地海关传输的转关运输数据或所调阅数据与车牌号码、指运地等不符的，由通道关员在计算机系统上录入实际进境的《进境汽车载货清单》条形码号、车牌号、指运地海关代码、关锁号，并加注特殊标识；在《进境汽车载货清单》上加贴关锁条形码并签章，一份留存，一份交承运人，对车辆施加关锁并放行，同时计算机系统向指运地海关发送转关信息，车辆自动识别系统登记车辆的进境记录。
(五)对涉及许可证管理的转关运输进口货物，由进境地海关办理转关手续，不需指运地海关出具《进口转关运输货物联系单》。
(六)进境车辆抵达指运地海关后，申请人应向指运地海关递交提前报关的纸质《进口货物报关单》、《进境汽车载货清单》和《司机签证簿》等有关单证。
(七)指运地海关在审核单证、办理证税、查验、放行手续后，核销转关运输电子数据，并将车辆到位信息通过计算机连动反馈进境地海关核销转关资料。由进境地海关电脑系统进行自动对碰，核销进口车辆记录。
(八)对已提前申报的转关运输货物，一经生成转关运输电子数据后不得修改，申请人发现提前申报的内容有误，必须在进口转关运输货物运抵指运地海关后，向海关提出更改申请。海关查验货物以前，且无不正常情况下，有正当理由并经海关同意的，允许企业更改。对已提前申报因故取消进口的，企业必须在3日内向海关申请撤消。超过期限仍未到海关办理转关手续的，由海关按规定自动撤消。
(九)对没有提前申报的进口转关运输货物，进境车辆抵达指运地海关后，申请人先办理预录入手续，且必须在报关单运输工具栏目录入转关标志“@“符及《进境汽车载货清单》条形码号；在提运单号栏目录入承运车辆的车牌号，向指运地海关进行电子申报；再按照第(六)、(七)项办理。
(十)对需查验的货物由指运地海关验核单证后对货物进行实际查验，并办理签章放行等有关手续。