1987年之前，日本作为海关合作理事会关税税则目录(CCCN)协议的签约国，在外贸进出口商品分类方面一直使用CCCN分类系统。从1988年1月1日起，日本开始采用编码协调制(HS)系统。
关税率由海关税率法确定并予以公布。在发达国家中，日本的平均关税率比较低，特别是工矿产品的平均税率只有2。1%。
关税的减免、退还和偿还
(1)减免
日本的关税减免有有条件减免和无条件减免两种形式。有条件关税减免又分为限制性减免和普遍减免，享受何种待遇主要取决于货物进口后的用途。此外，关税减免又可分为永久性减免和临时性减免，这主要取决于所依据法律的稳定性。
有资格申请关税减免的进口商是有限制的，而且对经关税减免后进口货物的使用和用途有较严格的限制。
(2)退还
预付关税后，发现货物符合减免部分或全部关税的规定，允许退还部分或全部关税。目前，日本的退税对象主要适用于被退回或被毁坏的货物，以及为生产出口产品所进口的原材料等。
(3)偿还
关税偿还与退还相似，二者的区别在于：关税退还的对象为关税交纳者，而偿还则不一定必须付给实际纳税人，也可偿还给法律事务所指定的人。