如果报关人确有困难暂时不能履行海关法规赋予的义务，他可以采取向海关申请担保的方法，即在保证在一定期限内履行其承诺的义务后，先提取或发运进出口货物，然后补办有关手续。我国海关是从1987年7月1日起开始实行进出口货物担保制度的，实践证明该制度对便利报关人，加速货物运输发挥了积极作用。
目前，我国海关接受的担保有保证函和保证金两种形式。保证金指向海关交付现金或其他有价证券来保证履行义务，而保证函是由担保人按照海关要求向海关提交的订有明确的权利和义务的海关文件。
在下列情况下，海关接受担保申请：
（1）暂时进出口货物；
（2）国家限制进出口货物，已领取了进出口许可证件，因故不能及时提供的；
（3）进出口货物不能在报关时交验有关单证如发票、合同、装箱清单等。而货物已运抵口岸，亟待提取或发运，要求海关先行放行货物后补交有关单证的；
（4）正在向海关申请办理减免税手续，而货物已运抵口岸亟待提取或发运，要求海关缓办进出口纳税手续的；
（5）经海关同意，将海关未放行的货物暂时存放于海关监管区之外的场所的；
（6）经海关总置特准的其他情况。
在进出口国家限制进出口货物和金银制品、文物、药品等进口控制货物时，不能交验也未申领到有关许可证件和其他批准证件，海关不接受受担保申请。
对要求减免税货物在未办结有关海关手续前，报关人申请担保先期放行货物，应交付保证金。保证金的金额相当于有关货物的进口税费总和。海关收取保证金后应向报关人出具《保证金收据》，报关人凭以向海关办理销案、退还保证金手续。在担保期限内如果担保人要求办理有关货物的进口手续，可在海关同意的情况下将保证金抵作税款并补征不足部分或退还多余部分。
凡采用保证函方式申请担保的，担保人应按海关规定的统一格式填写保证函一式两份，加盖印章后一份留海关备案，另一份交由报关人留存，凭以办理销案手续。
出具保证函的担保人应为中国境内法人。对应纳税货物如果要求用保证函缓缴税款，应由缓税单位的上级机构或开户银行担保。
担保人必须于担保期满前，向海关办理销案手续。担保期由海关根据情况决定。对未能在担保期内办理销案手续者，海关可视情况分别采取下列处理方法：
（1）将保证金抵作税款，责令报关人按规定补办进出口手续，并处以罚款；
（2）责令担保人缴纳税款或通知银行扣缴税款后处以罚款；
（3）暂停或取消报关人的报关资格