出料加工合同项下出口的货物，应比照暂时出口货物的有关规定填写出口货物报关单向海关办理出口手续，其中对出口涉及国家禁止和统一经营的商品，应递交外经贸部批件，对涉及国家实行许可证配额管理的，应交验省（自治区、直辖市和计划单列市）外经贸主管部门签发的批准文件；对涉及应征出口关税的商品，应交相当于出口税款的保证金。 出口加工合同项下复运进口货物时，企业应持原出口货物报关单及填写进口货物报关单一并向海关申请办理进口报关手续。对进口货物关税和进口环节税的征免规定如下：
(1)对复运进口后不再加工出口的货物，海关以其进境到岸价格与原出境货物的相同的、类似的货物在进境时的到岸价格之间的差额作为完税价格计征进口关税和进口环节税。若以上计税方法难以确定完税价格的，可参考出料加工货物在境外支付的加工费、运费、保险费估价征税。
(2)对复运进口后转作进料加工的，海关按进料加工的有关规定办理进口货物的征免税手续。
(3)出料加工原则上不得改变原出口货物的物理形态。对完全改变原出口货物物理形态的境外加工，不属出料加工范围，应按一般贸易出口货物办理有关手续。 出料加工货物在境外加工期限为6个月，如确需延期的，须报海关核准，但延期的最长时间不得超过3个月。出料加工的经营单位应按海关规定如期将原出境经加工后的货物复运进口，逾期不复运进口，或有走私出口等违法情事，海关将依法处理外商投资企业经营出料加工的审批手续亦按上述规定办。如出料加工的商品是棉纱、棉涤纶纱、棉坯布、棉涤纶坯布、蚕丝类、坯绸的，还应报外经贸部审批，海关凭外经贸部批准文件验放。