根据日本国家行政体制，政府各部门在自己分工权限范围内，对有关进出口商品检验工作实行分工管理。通商产业省（分管全国所有工业生产和商业、外贸等事务），负责进出口工业品的检验管理；农林水产省（分管全国农林牧渔和食品等的生产），负责全国进出口农林水产品和食品的检验和检疫管理；厚生省（分管全国医疗卫生事务），负责进出口食品、医药品等卫生方面的检验和管理；运输省（分管海、陆、空客货运输事务），负责进出口商品运载计量和安全方面的检验管理。 日本政府对进出口商品检验管理主要有三个方面：
1、通过国家立法进行管理
日本政府十分重视发挥法律对社会经济发展的促进作用，陆续颁布一系列法律法规，如《出口检查法》、《食品卫生法》、《工业标准化法》、《出口设计法》、《产品责任法》等等，通过立法形式建立加强进出口商品检验管理的依据。这些法律明确规定进出口生产、加工、经营、销售单位以及商品检验、海关等执法部门的法律义务和责任，对违法者进行法律制裁。
2、对重点进出口商品实行强制性检验
根据《出口检查法》等有关法律的规定，日本政府有关部门根据需要，规定了若干必须由政府或政府指定的民间检验机构检验的商品种类， 亦称法定检验商品种类。凡被列为法定检验范围的商品，有关生产经营企业必须向政府或政府指定的检验机构申报检验，经这些检验机构检验合格后，发给检验合格证书，并对商品加附BESST标志，经海关审核验证后予以通关放行。如发现违反检验法律的行为，海关即将情况通知政府有关部门，由政府的检验机构负责复验、调查核实，提交地方法院，由法院视情对违反法律的当事人进行处罚。
3、对民间检验机构实行监督管理
为了使有关进出口商品检验法律顺利实施，日本政府十分重视组织和利用社会检验力量。日本国内的一些民间检验机构由政府主管当局根据 《出口检验法》的规定批准营业，代表政府对出口商品进行检验，承担着"法定检验"的任务。为了保证检验工作的公正准确，这些民间机构在政府的严格控制下进行工作，日本政府对有关民间检验机构的检验技术水平、检验设备手段、检验范围和能力以及组织结构进行考核认证。对具备条件的授权代表政府执行有关进出口商品的法定检验。政府部门对所指定的民间检验机构的检验业务和检验结果进行监督管理，不定期进行抽查，如发现问题可撤销授权。政府有关部门还对指定检验机构的领导人实行任命，如委派刚退出现职的农林省次长或粮食厅长担任日本谷物检定协会的会长和理事长；由运输省大臣确认日本海事检定协会的理事以上干部，并发给确认书等；对其一般官员和雇员的聘用、解雇和处罚，都有严格的规定，所有工作人员都必须注册。
日本政府委托官方和民间检验机构对指定的出口商品进行检验。所谓"指定商品"，是指由日本"出口商品检验和设计促进委员会"提出指定出口商品目录建议，由内阁发布命令加以指定。日本《出口检验法》规定，每一种指定的出口商品都由行政法规规定其检验标准，一旦出口商品质量达不到这些标准规定，不管出口商或进口商担保与否，都不准出口。指定的商品未经法定检验而出口的，将对出口人签发制止令，并处以罚款。伪造或涂改检验机构证书的，将被视为特别严重的"伪造公文罪"，其受到的处罚远远重于一般的伪造公文罪。