为了便于对集装箱在流通和使用中识别和管理，便于单据编制和信息传输，所以国际标准化组织制定了集装箱标记，此标准即《集装箱的代号、识别和标记》（ISO6346-1981(E)）。
国际标准化组织规定的标记有必备标记和自选标记两类，每一类标记中又分别标记和作业标记。具体来说，集装箱上有箱主代号；箱号或顺序号、核对号；集装箱尺寸及类型代号。
1、必备标记
1）识别标记。它包括箱主代好，顺序号和核对数字。
（1）箱主代号。国际标准化组织规定，箱主代号由四个大写的拉丁文字母表示，前三位由箱主自己规定，第四个字母一律用U表示。
（2）顺序好，又称箱号，由6位阿拉伯字母组成。如又小数字不是6位时，则在有效数字前用“0”不足6位。如“053842”。
（3）核对数字。核对数字是用来对箱主代号和顺序号记录是否准确的依据。它位于箱号后，以一位阿拉伯数字加一方框表示。
2）作业标记。
它包括以下三个内容：
（1）额定重量和自定重量标记。额定重量即集装箱总重,自重即集装箱空箱质量（或空箱重量），ISO688规定应以公斤（kg)和磅（lb)同时表示。
（2）空陆水联运集装箱标记。由于该集装箱的强度仅能堆码两层。因而国际标准化组织对该集装箱规定了特殊的标志，该标记为黑色，该位于侧壁和端壁的左上角，并规定标记的最小尺寸为：高127mm,长355mm,字母标记的字体高度至少为76mm。
（3）登箱顶触电警告标记。该标记喂黄色底各色三角形，一般设在罐式集装箱和位于登顶箱顶的扶梯处，以警告登体者有触电危险。
2、自选标记
1）识别标记
它包括（1）国家和地区代号，如中国用CN；美国用US
（2）尺寸和类型代号（箱型代码）。
2）作业标记。
它包括（1）超高标记，该标记为在黄色底上标出黑色数字和边框，此标记贴在集装箱每侧的左下角，距箱底约0.6m处，同时该贴在集装箱主要标记的下方。凡高度超过2.6m的集装箱应贴上此标记。
（2）国际铁路联盟标记。凡符合《国际铁路联盟条列》规定的集装箱，可以获得此标记。该标志是在欧洲铁路上运输集装箱的必要通行标志。
3、同行标记
集装箱在运输过程中能顺利的通过或进入它过境，箱上必须贴有按规定要求的各种通行标志，否则，必须办理繁琐证明手续，延长了集装箱的周转时间。
集装箱上主要的通行标记有；安全合格牌照、集装箱批准牌照、防虫处理板、检验合格徽及国际铁路联盟标记等。