随着集装箱运输的逐步发展、成熟，与之相适应的，有别于传统运输方式的管理方法和工作机构也相应地发展起来，形成一套适应集装箱运输特点的运输体系。
主要包括：
1．经营集装箱货物运输的实际承运人。包括经营集装箱运输的船公司、联营公司、公路集装箱运输公司、航空集装箱运输公司等等。
2．无船承运人。在集装箱运输中。经营集装箱货运的揽货、装箱、拆箱、内陆运输及经营中转站或内陆站业务，但不掌握运载工具的专业机构，称为无船承运人。它在承运人与托运人之间起着中间桥梁作用。
3．集装箱租赁公司。这是随集装箱运输发展而兴起的一种新兴行业。它专门经营集装箱的出租业务。
4．联运保赔协会。一种由船公司互保的保险组织，对集装箱运输中可能遭受的一切损害进行全面统一的保险。这是集装箱运输发展后所产生的新的保险组织。
5．集装箱码头（堆场）经营人。是具体办理集装箱在码头的装卸、交接、保管的部门，它受托运人或其代理人以及承运人或其代理人的委托提供各种集装箱运输服务。
6．集装箱货运站（Container Freight Station，CFS）。在内陆交通比较便利的大中城市设立的提供集装箱交接、中转、或其它运输服务的专门场所。
7．货主。