1． 根的形态
龙眼有嫁接苗和圈枝苗。嫁接苗的根系由主根、侧根、须根组成。圈枝苗主根不明显。须根是吸收养分最活跃的部位，称吸收根，有根毛。根据根系分布情况又可分为水平根和垂直根。新根白色，后渐变黄白，至须根时转为黄褐色，皮孔粗密而明显。有菌根。菌根较吸收根肿大，无根毛。幼嫩菌根或菌根基部呈黄褐色。菌根形态为总状分枝式，或由于间歇生长而呈念珠状。菌根的存在使龙眼得以适应丘陵山地红壤旱、硬、瘠薄的恶劣环境。
龙眼根系的分布范围因土壤、地下水位和管理措施的不同而异。在土层深厚、地下水位较低的红壤山地，垂直根分布可达2-3米。水平根的扩展范围较宽，大多比树冠大1-2.8倍。土壤条件好，大部分吸收根分布在10-100厘米的土壤中，且多数在20-50厘米以内。
2． 根的生长习性
龙眼根系在适宜的条件下可周年生长没有自然休眠期。一年中枝梢有几次生长，根系生长也相应有几次，新根新梢交替生长，新根的生长高峰多出现在新梢充实之后或萌芽之前。一年中根系生长有3-4次高峰。据福建省果树研究所在莆田对30年生乌龙岭龙眼观察，全年有吸收根生长活动。其中4月中旬以前吸收数量很少，4月中旬至5月中旬花穗迅速增长和开花期间，吸收根生长有下降趋势；6月下旬至7月下旬夏梢萌发高峰，吸收根数量又下降；8月上旬夏梢充实后，吸收根又明显增加；果实采收后至10月中下旬，秋梢已充实，吸收根数量开始明显减少；12月下旬至翌年1月下旬新梢抽生前，新根数量有明显增加。
根系生长次数、数量和健壮程度受土壤、水分状况以及当年地上部枝梢生长和结果量的影响。土温100C，根系开始活动，随土温升高，根系活动加速，23-280C为生长最适温度。土壤水分充足，根系活动力强，如6-8月高温多湿季节，根系生长量最多，生长季节遇干旱，根系生长量减少。枝梢生长最大，根系生长量也大。结果过多，会抑制根的生长发育，降低根系吸收营养物质的能力，这是导致树体衰退和大小年结果的原因之一。
