一、注意贮藏环境
一般生物肥料耐低温能力强，但抗高温能力弱，不得阳光直射、避免潮湿、应干燥通风。
二、注意及时使用
生物肥料的有效期较短，即使是复合型固体肥料，也不宜久存，一般可于使用前2个月内购回。
三、注意合理使用
要根据生物肥料的特点并严格按说明书要求施用，尤其涉及喷施浓度、作业器具、施用时间等问题时，必须严格操作规程。
四、注意与其它药、肥分施
生物肥料一般为酸性，并且在其微生物大量繁殖前群体弱小，易被杀伤或杀死，尤其在施用杀菌药物、化学肥料时，如同时施入，则两败俱伤，在没有弄清其它药、肥性质以前，最好将生物肥料单独使用。
五、注意施用的连续性
除基肥外，喷施生物肥时效果当在数日内即较明显，此后能延续十几至几十天，随着微生物的长期暴露，尤其是高温条件的不适等，微生物群体衰退很快，因此，应予及时补施，以保证其效果的连续性和有效性。