过去普通棉花品种对氮磷钾的需肥比例为3：1：3，而现在普遍种植的转基因抗虫棉对钾反应敏感，需钾量大增，根据近几年试验调查，抗虫棉对氮磷钾的需求比例以3：1：4为好。由于施肥不可违背“最小养分律”和“不可替代律”的基本原理，如果钾肥、微肥缺乏，而偏施氮肥、磷肥，就会造成营养不平衡，不但起不到增产的效果，而且会造成浪费、肥料利用率低等不良后果。因此，稳施氮肥、磷肥，增施钾肥，补施微肥，让棉花吃上合理的营养套餐，才是实现节本增效的最佳方式。
科学施肥参考方案：①底肥。根据棉花的施肥特点，结合当前实际，一般亩产300～400公斤的棉田每亩底施尿素10公斤、磷酸二铵20公斤、进口氯化钾（纯钾含量60％，盐碱地应用纯钾含量50％的进口硫酸钾）20～25公斤，或亩施氮磷钾含量15-10-15复合肥50～65公斤，一般产量每亩底施磷酸二铵20公斤、钾肥20公斤或复合肥50公斤即可，同时配合施用锌、硼等微量元素肥料每亩1～2公斤。每亩施用农家肥2方以上效果更好。②追肥。磷钾肥最好一次性施入作底肥，氮肥可在盛蕾期、花铃期分期以“三七开”追施，同样的施肥量，分期追施氮肥比“一次性追肥”可增产10％左右。③喷施叶面肥。叶面施肥是最经济有效的施肥方式，可以促使植株稳健，增强抗病、抗虫、抗早衰能力，明显提高产量和品质，成本低，效果好。在棉花生育期间，可用0.5％的磷酸二氢钾水溶液或好帮手高钾叶面肥，结合0.3％高丰素溶液喷施2～3次，效果十分明显。