有机质肥料如果能够自行制造，是最符合经济成本，然而实际执行却不太容易。比较市场售价的有机质肥料，以菜籽粕、花生粕等高含氮量的植物性有机质肥料，较符合经济成本。
菜籽粕是中部地区水稻有机栽培使用的主要有机质肥料，其氮：磷酐：氯化钾的比率为5.3：2.3：1.3。菜籽粕是未经腐熟的有机质肥料，因此其施用量及施用适期应特别注意。菜籽粕应用在水稻栽培，其推荐量每公顷为4,000公斤，1/2当基肥使用，约于整地前10天施用，不但可以避免插秧后，因菜籽粕发酵产生的高温对水稻生长产生危害，并可适时及适量提供水稻生长所须的营养元素；1/4作为追肥，适时适量补充水稻营养生长期间肥分的吸收，此时水稻的根系及地上部已经生长非常旺盛，不惧菜籽粕发酵产生的高温危害；1/4作为穗肥使用，一般的水稻栽培，穗肥在幼穗形成约0.2公分时施用最为适当，但施用有机质肥料因需要时间进行矿化作用，才能释放出营养成分，因此建议一期作约在幼穗形成前约8~10天，二期作约在幼穗形成前约6~8天施用最为适当。
有机质肥料应避免在幼穗形成期后再施用，以免在因谷粒充实期间，有过量的氮素供应，不仅使稻株容易倒伏，亦会提高谷粒中的粗蛋白质含量，不利于稻米品质的提升。