近些年来，由于复合肥养分含量比较齐全,肥力较持久，施用方便，增产显著等优点逐渐为农民所接受。
但是市场上销售的复合肥存在一些质量问题：有的复合肥养分含量不达标，如有位农民买的养分含量为30%的复合肥，价格看起来比较便宜，但质检部门测定后，实际含量只有15%；有的用复混肥冒充复合肥，其养分未经鳌合作用精制而成；农资市场复合肥产品多、乱、杂，使人看了眼花缭乱，农民无从选取；有的把养分的含量拔得很高，制造模糊慨念，实际上是大量元素与微量元素的总合，其实大量元素占的比例很低；有的将有机质含量也算成养分总含量，使养分总含量标示到 60% ～70%，好像比高含量的无机复合肥养分含量还要高，给人产生一种错觉；有的只标养分总含量，没标示氮磷钾的含量；有的制造工艺粗糙，不是含水量过高呈泥状就是含水量不足呈粉状。
农民朋友在选购时千万要小心，谨防上当受骗。
首先，要认真选好品牌。尽管复合肥的品牌很多，有进口的，有国产的，养分含量也各异，有有机复合肥，有生物有机复合肥，有氨基酸复合肥，但有一个大的原则就是选择品牌产品。一要在当地农资部门看张贴的省农业厅主推的肥料公告，公告上认可的肥料品牌可以放心大胆地买；二要看肥料是否印有国家（或省级）免检标志，是否有注册商标，是否有登记号；三要索取购买肥料的正式发票，好好保存。
其次，要明确有效养分。按照有关规定，有效养分一般是指大量元素N、P、K的有效含量，这三种养分含量越高就说明有效养分越高。购肥时，一定要认真看好大量元素有效含量是多少。有些复合肥虽然配有微量元素或者有机质，但大量元素的配量则相应减少，它们在综合效益方面是有优势的，也是具有增产潜力的。
第三，要配套用好复合肥。一要看农作物生育期长短选用复合肥，生育期长的可选高含量的复合肥，生育期短的可选低含量的复合肥；二要看农作物种类选用复合肥，如西瓜、马铃蓍、烟草等忌用含氯的复合肥；三要根据农作物的特性配施其他肥料，比如绿叶类蔬菜则要补施氮肥，棉花，特别是杂交抗虫棉要成倍地补足钾肥。