最直接、最简单的节肥方法就是进行肥料深施。以尿素为例，深施后利用率可达47%-50%，而表施后利用率仅为25%。显然，深施可以明显提高肥料利用率，节省用肥成本。
肥料深施，一方面，可以减少因雨水、挥发等造成的养分流失，直接达到节肥目的；另一方面，深施后可增加根系对营养的吸收率，培育庞大粗壮的根系，可起到有效抗倒伏的作用，减少损失。例如肥料深施后，水稻中下层根系数量可增加50%，增强了抗倒伏能力。
倒伏是造成水稻减产的重要原因之一，包括根倒伏和茎倒伏两个方面。根倒伏主要是由于水稻根系入土较浅、下层根发育较差引起，而茎倒伏主要是由于茎基部较细，机械组织不发达引起。近年来，随着高产超高产水稻品种的推广，倒伏一直是该类品种发挥产量潜力的较大威胁。
根系是作物吸收养分的重要器官，旺健的根系源于良好的土壤营养环境，也是地上部旺盛生长的信息反馈。生产中培育庞大的根系能显著增加地上部生物量，增强抗倒伏能力，实现作物增产。肥料深施，能极显著增加水稻根系干重和体积，有助于提高根系固持力，增强水稻抗倒伏的能力。
但是，水稻深施用肥也存在一些难题，例如，当水稻插秧之后就无法进行深施肥料。这就要求在水稻插秧之前，一次性施下生长发育所需的所有养分，而水稻控释肥可以解决这个难题。