忌用腐蚀性肥料碳酸氢铵、氨水等，具有挥发性和腐蚀性，易熏伤种子和幼苗，过磷酸钙含有游离态的硫酸和磷酸，对种子发芽和幼苗生长会造成伤害，一般不宜做种肥。这类肥料要在翻耕时施入，或施在播种沟下层，不与种子直接接触，或与土杂肥混合施用。
忌用具有毒害作用的肥料尿素在作物的生长过程中，常生成少量的缩二酸，缩二酸的含量若超过20%，对种子和幼苗就会产生毒害。另外，含氮量高的尿素分子透入种子的蛋白质分子中，使蛋白质变性，对种子发芽和幼根产生毒害。
忌用具有有害离子的肥料氨化钾、氨化铵等化肥含有氯离子，施入土壤后会产生水溶性氯化物，对种子发芽和幼苗生长不利，甚至烧种烧苗；硝酸铵、硝酸钾等肥料含有硝酸根离子，对种子发芽有毒害作用。
忌用强碱性肥料强碱性肥料有窑灰钾肥、钢渣磷肥等。窑灰钾肥含钙较多，吸水性强，吸水后放出大量热量，易烧坏种子和幼根。须作种肥时，必须与高于10倍的有机肥料充分混合，施入播种沟（穴）下层，勿与种子直接接触，并注意播种后及时覆土，以防危害。
忌用未经腐熟的人畜粪一般经过充分腐熟的人畜粪尿等农家肥可用做种肥，于播种时施在种子附近，效果很好。但如果未经腐熟的生粪做种肥，因肥料在发酵过程中会释放大量热能，不仅极易造成烧根，而且释放氨气还会灼伤幼苗。人畜粪等农家肥，要经过堆沤高温发酵，充分腐熟后方可用于种肥。