有些化肥施用于蔬菜后，可以提高其品质与产量，但有些化肥施用于蔬菜后虽能提高产量，却会对蔬菜产生污染，引起食用者中毒。
硝酸铵和其他硝态氮肥一般不宜施用于蔬菜。硝态氮肥施入菜田后，会使蔬菜中的硝酸盐含量成倍增加，硝酸盐在人体中容易被还原为亚硝酸盐，亚硝酸盐是一种剧毒物质，对人体危害极大。
氯化铵、氯化钾等含氯化肥，不宜施用于番茄、马铃薯。含氯肥料在土壤中分解后，铵或钾离子会被土壤吸附或被蔬菜吸收，浓度达到一定程度时，会对蔬菜根系产生毒害，严重的会造成蔬菜死亡。
叶菜类蔬菜忌叶面喷施氮肥。蔬菜叶面喷施氮肥，其铵离子与空气接触后，易转化为酸根离子被叶片吸收，加上叶菜类蔬菜生育期短，很容易使硝酸盐积累在叶内。因此，忌在叶菜类蔬菜叶面喷施氮肥。
蔬菜施用微肥，能促进蔬菜优质高产，但蔬菜对微量元素需求量极少，过量施用微肥不仅造成浪费，而且对作物易产生毒害，污染环境。硫酸亚铁每亩用量不能超过3.25公斤。硫酸锰、氯化锰每月亩用量不能超过2.05公斤。硫酸铜每亩用量不能超过2公斤。硼砂、硼酸每亩用量不能超过1.25公斤。