由于紫外线穿透性差,一般情况下紫外照射主要用作食品工厂车间、设备、包装材料的表面以及水杀菌。另外紫外线照射也可以结合其它一些强氧化剂如臭氧、过氧化氢等处理来进行杀菌。近年来紫外线用于透明液体的杀菌获得发展，紫外线照射在果蔬汁中的应用也引起了重视。
2000年11月，美国ＦＤＡ批准了California Day-Fresh Foods公司和Salcor公司将紫外线用于果蔬汁杀菌的申请，修改了21ＣＦＲ179食品添加剂法规，允许紫外线照射可以用于果蔬汁饮料产品的消毒，规定紫外线的产生是采用低压汞灯，90%以上的光波长是2537ｎｍ，湍流的Reynolds数不低于2200。