酱油最好勿生吃。酱油不经过加热也可以食用，但是，由于酱油在生产、储存、运输、销售等过程中，常因卫生条件不良而造成污染，甚至混入肠道传染的致病菌，人吃生酱油后，对健康很不利。据科学实验证实，伤寒杆菌在酱油中能生存20天，痢疾杆菌在酱油中可生存2天，有很多人食用不经过加热的酱油拌凉菜吃，这就有发病的危险。酱类食用后易产酸，胃酸过多的胃病患者要慎食。
酱油防霉法。盛放酱油和醋的瓶子，切勿混入生水；把酱油烧煮后密封起来；在放酱油或醋的容器内，放入少许香油，使其表面覆盖一层薄薄的油膜；或瓶内放一段葱白，或几个蒜瓣，或加一点烧酒，也可以防霉。也可以将酱油煮开晾凉后再装瓶。
酱油长了白膜不能用。酱油的营养价值很高，在人体所需的20种氨基酸中含有17种。夏天，酱油很容易长出一层白膜，这是由于一种叫产膜性酵母菌污染了酱油后引起酱油发霉的现象，食后对人体有害，所以不能食用长了白膜的酱油。