食物不耐症常伴随体内缺乏一种特殊酶，这个酶可以属于消化系统，如乳糖酶或胰脏的脂肪酶，乳糖酶量不足造成对牛奶里的乳糖不耐受，而胰脏的脂肪酶缺乏时，引起膳食脂肪不耐受。
酶的缺乏可能发生在身体其它部位。例如，分解胺类的高活性酶——单胺氧化酶的缺乏，可能导致在吃进某些食物后发生偏头痛。
可以用食物排除法检定引起不耐症的食物。患者若将某种症状与某种食物联系起来，就极可能在吃了该项食物后产生那些症状。当某些食物从饮食中被排除后，许多症状也消失了。
非过敏的食物不耐症的病例至少比食物过敏多10倍以上，这与其说是免疫反应，毋宁说是一种酶缺乏的结果，伴随症状包括头痛、沮丧、胃肠胀气或腹泻。