半知菌分类以应用方便为主，不以亲缘关系为依据，一般根据孢子梗和孢子的形态及产生方式分类。许多已发现有性世代的半知菌，均已分别归属，如青霉菌属、曲霉菌属及赤霉菌属已归入子囊菌亚门，以下几属为仍属于半知菌亚门的重要代表。
假丝酵母属（Candida） 细胞圆形、卵形或长形，多边芽殖形成假菌丝；有的具真菌丝，可形成厚垣孢子，不形成节孢子。无子囊孢子。本属有的可用于生产酵母蛋白，供食用或饲料用，如产朊假丝酵母（C.wtilis），其蛋白质及维生素B的含量均高于啤酒酵母，热带假丝酵母可氧化烃类，以石油为原料可生产酵母蛋白，也可利用工业废料。白色假丝酵母（C.albicans），医学上称白色念珠菌，可引起念珠菌病，为条件致病菌，常见于健康人的口腔及肠道中。
白僵菌属（Beauveria） 常见的昆虫寄生菌。寄主范围很广，主要侵染幼虫，有的也见于成虫。孢子在虫体表萌发后穿过体壁进入虫体，致使虫体僵死，呈白色茸毛状至粉末状。分生孢子梗瓶状，可多次分叉，孢子球状或卵状，在密集的孢子梗上成团，形成密实的孢子头。可用于防治松毛虫等农林害虫，但也侵染家蚕，造成养蚕业的重大损失。我国著名的中药僵蚕，即为白僵菌寄生致死的家蚕幼虫。白僵菌产生的一种抗生素：卵孢霉素（Oosporin，C14H10O8）是一种抗真菌的抗生素，但对脊椎动物幼体有剧毒，对小麦、燕麦、豆科植物有明显药害。人接触大量白僵菌孢子，能产生类似感冒的短期症状。
交链孢属（Alternaria） 菌丝暗褐、灰黑色至黑色。分生孢子梗较短，单生或丛生，大多数不分枝，与营养菌丝几乎无区别。分生孢子呈纺锤状或倒棒状，顶端延长或成喙状，多细胞，有壁砖状分隔，常数个成链，一般为褐色。尚未发现有性世代。是土壤、空气、工业材料上常见的腐生菌，有的是栽培植物的寄生菌。某些种可用于甾族化合物转化。